[1] 2Quarto trial with the Palau eDNA Nov 2021 dataset
You can add options to executable code like this
[1] 4The echo: false option disables the printing of code (only output is displayed).
Load required packages
Code
#install.packages("tidyverse")
#install.packages("vegan")
#install.packages("devtools")
#devtools::install_github("rlbarter/superheat")
#install.packages("here")
#install.packages("phyloseq")
#install.packages("owmr")
library(tidyverse)── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr 1.1.3 ✔ readr 2.1.4
✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.0
✔ ggplot2 3.4.3 ✔ tibble 3.2.1
✔ lubridate 1.9.2 ✔ tidyr 1.3.0
✔ purrr 1.0.2
── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errorsCode
library(tidyr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(vegan)Loading required package: permute
Loading required package: lattice
This is vegan 2.6-4Code
library(data.table)
Attaching package: 'data.table'
The following objects are masked from 'package:lubridate':
hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
yday, year
The following objects are masked from 'package:dplyr':
between, first, last
The following object is masked from 'package:purrr':
transposeCode
library(superheat)
#devtools::install_github("joey711/phyloseq")
library(phyloseq)
packageVersion("phyloseq")[1] '1.44.0'Code
library(owmr)owmr 0.8.2
another crazy way to talk to OpenWeatherMap's API
Documentation: type ?owmr or https://crazycapivara.github.io/owmr/
Issues, notes and bleeding edge: https://github.com/crazycapivara/owmr/
It is recommended that you store your api key in an environment variable called OWM_API_KEY.
Attaching package: 'owmr'
The following object is masked from 'package:purrr':
flattenCode
#if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){
# install.packages("BiocManager")
# }
#BiocManager::install("multtest")
#if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
# install.packages('devtools')
library(devtools)Loading required package: usethis
Attaching package: 'devtools'
The following object is masked from 'package:permute':
checkCode
#BiocManager::install("MicrobiotaProcess")
library(MicrobiotaProcess)Registered S3 methods overwritten by 'treeio':
method from
MRCA.phylo tidytree
MRCA.treedata tidytree
Nnode.treedata tidytree
Ntip.treedata tidytree
ancestor.phylo tidytree
ancestor.treedata tidytree
child.phylo tidytree
child.treedata tidytree
full_join.phylo tidytree
full_join.treedata tidytree
groupClade.phylo tidytree
groupClade.treedata tidytree
groupOTU.phylo tidytree
groupOTU.treedata tidytree
inner_join.phylo tidytree
inner_join.treedata tidytree
is.rooted.treedata tidytree
nodeid.phylo tidytree
nodeid.treedata tidytree
nodelab.phylo tidytree
nodelab.treedata tidytree
offspring.phylo tidytree
offspring.treedata tidytree
parent.phylo tidytree
parent.treedata tidytree
root.treedata tidytree
rootnode.phylo tidytree
sibling.phylo tidytree
MicrobiotaProcess v1.12.3 For help:
https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues
If you use MicrobiotaProcess in published research, please cite the
paper:
Shuangbin Xu, Li Zhan, Wenli Tang, Qianwen Wang, Zehan Dai, Lang Zhou,
Tingze Feng, Meijun Chen, Tianzhi Wu, Erqiang Hu, Guangchuang Yu.
MicrobiotaProcess: A comprehensive R package for deep mining
microbiome. The Innovation. 2023, 4(2):100388. doi:
10.1016/j.xinn.2023.100388
Export the citation to BibTex by citation('MicrobiotaProcess')
This message can be suppressed by:
suppressPackageStartupMessages(library(MicrobiotaProcess))
Attaching package: 'MicrobiotaProcess'
The following object is masked from 'package:phyloseq':
tax_table
The following object is masked from 'package:tidyr':
extract
The following object is masked from 'package:stats':
filterCode
library(patchwork)
library(here) #attach at the end of pkgs or use conflicted pkghere() starts at /Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/RCode
devtools::install_github("r-lib/conflicted")Skipping install of 'conflicted' from a github remote, the SHA1 (9fabdc7c) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installationLoad data
Code
#esv_data_all <- (read.delim("./data/JVB1710-MiFishU-read-data.csv", sep=",", check.names=FALSE, header = TRUE))
esv_data_all <- read.csv(here("data/JVB1710-MiFishU-read-data.csv"),header = TRUE)
#head (esv_data_all)
#glimpse (esv_data_all)Remove preliminary run (i.e., remove duplicated samples “S046…1” that have newer “.2” version) & cleanup columns
Code
data <- select(esv_data_all,-c(S046420.1, S046419.1, S046417.1, S046416.1, S046415.1, S046414.1, X))
data <- data %>%
rename(
Match_percent=X..match,
Species_number=X..species
)
#head(data)
#glimpse(data)Cobine header row cells into one
Takes the following row headers: “TestId”, “ESVId”, “sequence”, “Kingdom”, “Phylum”, “Class”, “Order”, “Family”, “Genus”, “Species”, “% match”, “# species” Merges them into one “MergedID” with the separator “,”
Code
#esv_data_all_mergedrows <- unite(esv_data_all, col='MergedID', c('TestId', 'ESVId', 'sequence', 'Kingdom', 'Phylum', 'Class', 'Order', 'Family', 'Genus', 'Species', '% match', '# species'), sep=',')Create long data version
Code
data_long <-
data %>%
pivot_longer(
"S049508.1":"S049391.0",
names_to = "sample",
values_to = "obs"
)
#glimpse(data_long)Bring in samples key & merge with long data
Code
samples <- read.csv(here("data/JVB1710-samples_rv3.csv"),header=TRUE)
glimpse(samples)Rows: 177
Columns: 9
$ BatchId <chr> "JVB1710", "JVB1710", "JVB1710", "JVB1710", "JVB1710…
$ ClientId <chr> "closek@stanford.edu", "closek@stanford.edu", "close…
$ SampleID <chr> "StanfordCOS_BluefinTuna", "StanfordCOS_YellowfinTun…
$ sample <chr> "S049508.1", "S049507.1", "S049506.1", "S049505.1", …
$ Capture.time..MT. <lgl> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, …
$ Lat <lgl> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, …
$ Long <lgl> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, …
$ SiteName <lgl> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, …
$ PublishStatus <chr> "Private", "Private", "Private", "Private", "Private…Code
left_joined <- merge(data_long, samples, by = "sample")
#glimpse(left_joined)Create full sample ID - merge original Sample name w/ the JV sample version name
Code
left_joined_unite <- left_joined %>%
unite(col="ID_v", SampleID, sample, sep= "-",
remove = TRUE)
#glimpse(left_joined_unite)Bring data frame back into Wide Format
Code
esv_read_data <-
left_joined_unite %>%
pivot_wider(
names_from = "ID_v",
values_from = "obs"
)
write.csv(esv_read_data, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/esv_read_data_rv.csv")
# more generalizable saving - path starts a Rproj root (makes code more transferable)
# write_csv(esv_read_data, file = file.path("products/esv_read_data_rv.csv"))Identify and verify that higher taxonomic rankings check out
Code
unique(esv_read_data$Phylum)[1] "Chordata" "" Code
#Should only bring back Chordata
#brings back: "Chordata" ""
# "" is n=179 unannotated ESVs
unique(esv_read_data$Class)[1] "Actinopteri" "" "Mammalia" "Chondrichthyes"
[5] "Aves" "Amphibia" Code
#"Actinopteri" "" "Mammalia" (n=3spp - false killer whale, spinner dolphin, and pantropical spotted dolphin) "Chondrichthyes" (n=1spp - Blue shark), "Aves" (n=1spp ~ game fowl/pheasant, chicken) "Amphibia" (n=1spp - giant slamander)
#Select for only Classes: Actinopteri and Mammalia, which will remove Classes: Aves and Amphibia, as well as the unannotated ESVs
#Within Mammalia remove non-marine mammals in Family: Bovidae, Suidae, Canidae, Felindae, Hominidae and Order: PrimatesCreate Nearshore & Offshore dataframes
Code
offshore_esv <- esv_read_data %>% select(2, 6, 7, 8, 9, 10, contains('COS'), contains('AFZ'), contains('DFZ'), contains('NMS'))
nearshore_esv <- esv_read_data %>% select(2, 6, 7, 8, 9, 10, contains('COS'), contains('SHR'), contains('LGN'), contains('FRR'))
write.csv(offshore_esv, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/offshore_esv.csv")
write.csv(nearshore_esv, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/nearshore_esv.csv")Create Nearshore & Offshore species lists
Code
offshore_esv_sp <- esv_read_data %>% select(2, 10, contains('COS'), contains('AFZ'), contains('DFZ'), contains('NMS'))
nearshore_esv_sp <- esv_read_data %>% select(2, 10, contains('COS'), contains('SHR'), contains('LGN'), contains('FRR'))
write.csv(offshore_esv_sp, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/offshore_esv_sp.csv")
write.csv(nearshore_esv_sp, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/nearshore_esv_sp.csv")Unique nearshore species
Code
ns_esv <- nearshore_esv[rowSums(nearshore_esv==0, na.rm=TRUE)<ncol(nearshore_esv), ]
#nearshore_esv[rowSums(nearshore_esv[])>0,]
n_distinct(nearshore_esv$Species)[1] 404Code
unique(nearshore_esv$Species) [1] "Lethrinus erythracanthus"
[2] "Acanthurus triostegus"
[3] ""
[4] "Erythrocles schlegelii"
[5] "Oncorhynchus mykiss"
[6] "Chrysiptera cyanea"
[7] "Neopomacentrus nemurus"
[8] "Chlorurus sordidus"
[9] "Lubbockichthys sp. MOOP_6973"
[10] "Cociella punctata"
[11] "Chaetodon ulietensis"
[12] "Sus scrofa"
[13] "Pristiapogon kallopterus"
[14] "Zenarchopterus buffonis"
[15] "Aseraggodes cheni"
[16] "Brevoortia tyrannus"
[17] "Homo sapiens"
[18] "Lutjanus bohar"
[19] "Gazza achlamys"
[20] "Acanthurus nigrofuscus"
[21] "Cercamia eremia"
[22] "Hipposcarus longiceps"
[23] "Cryptocentrus melanopus"
[24] "Mulloidichthys flavolineatus"
[25] "Monotaxis grandoculis"
[26] "Lethrinus haematopterus"
[27] "Scarus psittacus"
[28] "Spratelloides delicatulus"
[29] "Stenatherina panatela"
[30] "Lagodon rhomboides"
[31] "Chromis vanderbilti"
[32] "Thalassoma quinquevittatum"
[33] "Myctophum sp. FLMOO_1333"
[34] "Gymnothorax chilospilus"
[35] "Fibramia amboinensis"
[36] "Zebrasoma velifer"
[37] "Lethrinus obsoletus"
[38] "Plectorhinchus chaetodonoides"
[39] "Platax orbicularis"
[40] "Chaetodontoplus poliourus"
[41] "Caesio cuning"
[42] "Ctenochaetus striatus"
[43] "Microgobius thalassinus"
[44] "Zoramia leptacantha"
[45] "Petroscirtes mitratus"
[46] "Pomacanthus xanthometopon"
[47] "Selar crumenophthalmus"
[48] "Asterropteryx semipunctata"
[49] "Antennatus dorehensis"
[50] "Sueviota sp. MOOP_2911"
[51] "Gymnothorax richardsonii"
[52] "Cheilinus undulatus"
[53] "Oplopomus oplopomus"
[54] "Plectropomus areolatus"
[55] "Gerres oblongus"
[56] "Atherinomorus sp. OCNSW33"
[57] "Upeneus sulphureus"
[58] "Nectamia savayensis"
[59] "Citharichthys sordidus"
[60] "Leiuranus semicinctus"
[61] "Scarus dimidiatus"
[62] "Plectroglyphidodon dickii"
[63] "Nectamia fusca"
[64] "Fowleria isostigma"
[65] "Catostomus catostomus"
[66] "Ophiocara porocephala"
[67] "Parupeneus cyclostomus"
[68] "Myctophum lychnobium"
[69] "Pomadasys sp. CBM:ZF:18112"
[70] "Mugil cephalus"
[71] "Plectorhinchus schotaf"
[72] "Trimma striatum"
[73] "Scolopsis bilineata"
[74] "Lethrinus atkinsoni"
[75] "Gerres erythrourus"
[76] "Hygophum sp. CBM:ZF:14740"
[77] "Stolephorus teguhi"
[78] "Callogobius sp. 'misuji-haze'"
[79] "Albula glossodonta"
[80] "Vinciguerria sp. CBM:ZF:14736"
[81] "Myripristis pralinia"
[82] "Callionymus enneactis"
[83] "Macrodontogobius wilburi"
[84] "Diaphus splendidus"
[85] "Acanthurus olivaceus"
[86] "Hyporhamphus yuri"
[87] "Chaetodon ephippium"
[88] "Sphaeramia nematoptera"
[89] "Upeneus guttatus"
[90] "Amblygobius phalaena"
[91] "Lethrinus harak"
[92] "Exyrias puntang"
[93] "Cantherhines dumerilii"
[94] "Parioglossus palustris"
[95] "Myripristis adusta"
[96] "Myripristis greenfieldi"
[97] "Atherinomorus cf. regina FRLM:40035"
[98] "Pristicon rhodopterus"
[99] "Naso vlamingii"
[100] "Tylosurus acus"
[101] "Decapterus macarellus"
[102] "Lampris guttatus"
[103] "Symbolophorus evermanni"
[104] "Coptodon zillii"
[105] "Aurigequula fasciata"
[106] "Gymnothorax buroensis"
[107] "Parupeneus barberinus"
[108] "Cryptocentrus caeruleomaculatus"
[109] "Strongylura incisa"
[110] "Chanos chanos"
[111] "Hypoatherina celebesensis"
[112] "Naso brachycentron"
[113] "Leptoscarus vaigienis"
[114] "Pseudogramma brederi"
[115] "Acanthurus nigricauda"
[116] "Enchelycore bayeri"
[117] "Hemiglyphidodon plagiometopon"
[118] "Ptereleotris heteroptera"
[119] "Exocoetus volitans"
[120] "Megalaspis cordyla"
[121] "Oxycheilinus unifasciatus"
[122] "Pomacentrus vaiuli"
[123] "Favonigobius sp. OCF-P3775"
[124] "Pleurosicya bilobata"
[125] "Cyclothone alba"
[126] "Diproctacanthus xanthurus"
[127] "Felis catus"
[128] "Cyprinella spiloptera"
[129] "Enchelycore kamara"
[130] "Ctenogobiops feroculus"
[131] "Dascyllus trimaculatus"
[132] "Hemiramphus convexus"
[133] "Acanthurus leucopareius"
[134] "Lutjanus gibbus"
[135] "Eugerres plumieri"
[136] "Siganus argenteus"
[137] "Scarus rubroviolaceus"
[138] "Hemigymnus melapterus"
[139] "Lampadena luminosa"
[140] "Callionymus simplicicornis"
[141] "Eviota guttata"
[142] "Acanthurus lineatus"
[143] "Chaetodon octofasciatus"
[144] "Pseudodax moluccanus"
[145] "Neoniphon sammara"
[146] "Pterocaesio tile"
[147] "Katsuwonus pelamis"
[148] "Thymallus arcticus"
[149] "Bolinichthys longipes"
[150] "Amblygobius nocturnus"
[151] "Mugilogobius sp. 'tanuki-haze'"
[152] "Lutjanus fulvus"
[153] "Pomacentrus pavo"
[154] "Pristiapogon exostigma"
[155] "Conger cinereus"
[156] "Lutjanus monostigma"
[157] "Fundulus heteroclitus"
[158] "Synodus dermatogenys"
[159] "Ecsenius yaeyamaensis"
[160] "Amblygaster leiogaster"
[161] "Prionace glauca"
[162] "Atule mate"
[163] "Plectropomus leopardus"
[164] "Uropterygius alboguttatus"
[165] "Caranx ignobilis"
[166] "Diodon liturosus"
[167] "Halichoeres trimaculatus"
[168] "Caracanthus unipinna"
[169] "Novaculichthys taeniourus"
[170] "Lethrinus olivaceus"
[171] "Gymnothorax thyrsoideus"
[172] "Monodactylus argenteus"
[173] "Cephalopholis argus"
[174] "Pseudochromis tapeinosoma"
[175] "Pseudorca crassidens"
[176] "Gnathodentex aureolineatus"
[177] "Cryptocentrus nigrocellatus"
[178] "Halichoeres leucurus"
[179] "Epinephelus merra"
[180] "Gobiosoma ginsburgi"
[181] "Ovibos moschatus"
[182] "Caesio caerulaurea"
[183] "Diaphus brachycephalus"
[184] "Apogon hyalosoma"
[185] "Carangoides plagiotaenia"
[186] "Lethrinus lentjan"
[187] "Gerres longirostris"
[188] "Gymnothorax zonipectis"
[189] "Balistapus undulatus"
[190] "Acentrogobius janthinopterus"
[191] "Valenciennea longipinnis"
[192] "Upeneus tragula"
[193] "Sargocentron spiniferum"
[194] "Photopectoralis bindus"
[195] "Calotomus spinidens"
[196] "Macolor macularis"
[197] "Ctenochaetus binotatus"
[198] "Cheilopogon atrisignis"
[199] "Salarias segmentatus"
[200] "Oncorhynchus tshawytscha"
[201] "Myripristis violacea"
[202] "Foa fo"
[203] "Heteropriacanthus cruentatus"
[204] "Choerodon anchorago"
[205] "Uropterygius micropterus"
[206] "Halichoeres hortulanus"
[207] "Coris batuensis"
[208] "Myripristis hexagona"
[209] "Symphorichthys spilurus"
[210] "Eviota prasina"
[211] "Scarus ghobban"
[212] "Cheilodipterus quinquelineatus"
[213] "Rhinecanthus verrucosus"
[214] "Gomphosus varius"
[215] "Gempylus serpens"
[216] "Gnatholepis anjerensis"
[217] "Neoniphon aurolineatus"
[218] "Salarias sinuosus"
[219] "Engraulis mordax"
[220] "Pristicon trimaculatus"
[221] "Cymbacephalus beauforti"
[222] "Koumansetta hectori"
[223] "Abudefduf septemfasciatus"
[224] "Amblygobius decussatus"
[225] "Sargocentron tiere"
[226] "Grammatorcynus bilineatus"
[227] "Amblygaster sirm"
[228] "Fistularia commersonii"
[229] "Rhabdamia spilota"
[230] "Sander vitreus"
[231] "Gymnothorax pindae"
[232] "Siganus doliatus"
[233] "Chromis viridis"
[234] "Barbatula barbatula"
[235] "Hemiramphus far"
[236] "Stegastes lividus"
[237] "Tylosurus crocodilus"
[238] "Lethrinus xanthochilus"
[239] "Chaetodipterus faber"
[240] "Eviota shimadai"
[241] "Chaetodon semeion"
[242] "Stegastes nigricans"
[243] "Cypselurus angusticeps"
[244] "Scorpaenodes guamensis"
[245] "Fundulus grandis"
[246] "Pervagor nigrolineatus"
[247] "Cirripectes imitator"
[248] "Ctenochaetus hawaiiensis"
[249] "Diaphus bertelseni"
[250] "Cephalopholis urodeta"
[251] "Eviota punctulata"
[252] "Mugil curema"
[253] "Gunnellichthys monostigma"
[254] "Sphyraena obtusata"
[255] "Cheilopogon spilonotopterus"
[256] "Canis lupus"
[257] "Naso unicornis"
[258] "Salmo salar"
[259] "Parapercis cylindrica"
[260] "Chaetodon vagabundus"
[261] "Novaculoides macrolepidotus"
[262] "Chlorurus japanensis"
[263] "Chrysiptera glauca"
[264] "Sphyraena putnamae"
[265] "Epinephelus polyphekadion"
[266] "Gymnothorax margaritophorus"
[267] "Prognichthys sealei"
[268] "Stenella attenuata"
[269] "Callionymus marquesensis"
[270] "Apogonichthyoides melas"
[271] "Gymnothorax fimbriatus"
[272] "Herklotsichthys quadrimaculatus"
[273] "Enchelynassa canina"
[274] "Eviota bifasciata"
[275] "Scorpaenopsis possi"
[276] "Aprion virescens"
[277] "Trachinotus blochii"
[278] "Sebastapistes strongia"
[279] "Pseudocheilinus evanidus"
[280] "Sargocentron microstoma"
[281] "Pterocaesio digramma"
[282] "Gobio gobio"
[283] "Naso lituratus"
[284] "Saurida nebulosa"
[285] "Pomacentrus burroughi"
[286] "Lutjanus fulviflamma"
[287] "Myripristis chryseres"
[288] "Plectroglyphidodon lacrymatus"
[289] "Plectroglyphidodon leucozonus"
[290] "Cymolutes praetextatus"
[291] "Chromis ternatensis"
[292] "Megalops cyprinoides"
[293] "Aluterus scriptus"
[294] "Chromis lepidolepis"
[295] "Stenella longirostris"
[296] "Chlorurus bleekeri"
[297] "Schindleria praematura"
[298] "Coryphaena hippurus"
[299] "Fowleria variegata"
[300] "Rudarius ercodes"
[301] "Stethojulis trilineata"
[302] "Centropyge tibicen"
[303] "Bostrychus sinensis"
[304] "Redigobius bikolanus"
[305] "Epinephelus fuscoguttatus x Epinephelus polyphekadion"
[306] "Siganus spinus"
[307] "Toxotes jaculatrix"
[308] "Pterocaesio tessellata"
[309] "Cheiloprion labiatus"
[310] "Plectorhinchus lineatus"
[311] "Moringua javanica"
[312] "Labroides dimidiatus"
[313] "Oncorhynchus kisutch"
[314] "Verulux cypselurus"
[315] "Gymnothorax australicola"
[316] "Salarias ceramensis"
[317] "Gobiopsis arenaria"
[318] "Rhinecanthus aculeatus"
[319] "Sebastapistes sp. OCF-P20130923-2"
[320] "Morone americana"
[321] "Zoramia viridiventer"
[322] "Plectrypops lima"
[323] "Pseudogramma polyacantha"
[324] "Auxis thazard"
[325] "Neoniphon opercularis"
[326] "Callogobius maculipinnis"
[327] "Lethrinus reticulatus"
[328] "Fusigobius signipinnis"
[329] "Scomberoides lysan"
[330] "Scarus schlegeli"
[331] "Fundulus zebrinus"
[332] "Amblycirrhitus bimacula"
[333] "Parexocoetus mento"
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[337] "Chaetodon citrinellus"
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[356] "Diaphus sp. CBM DNA No. 2014-626"
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[381] "Parupeneus indicus"
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[399] "Sargocentron punctatissimum"
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[403] "Cabillus tongarevae"
[404] "Cirrhitus pinnulatus" Code
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[4] "Anoplopoma fimbria"
[5] "Bluefin"
[6] "Ctenochaetus striatus"
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[8] "Oncorhynchus mykiss"
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[12] "Homo sapiens"
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[14] "Callogobius sp. 'misuji-haze'"
[15] "Caesio cuning"
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[88] "Callionymus enneactis"
[89] "Naso unicornis"
[90] "Chanos chanos"
[91] "Pristicon rhodopterus"
[92] "Hemigymnus melapterus"
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[94] "Chaetodon ulietensis"
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[100] "Hemiramphus convexus"
[101] "Pomacentrus pavo"
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[104] "Pristiapogon exostigma"
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[106] "Lethrinus reticulatus"
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[108] "Parupeneus barberinus"
[109] "Lethrinus atkinsoni"
[110] "Gazza achlamys"
[111] "Mugilogobius sp. 'tanuki-haze'"
[112] "Atule mate"
[113] "Synodus dermatogenys"
[114] "Siganus spinus"
[115] "Amblygobius decussatus"
[116] "Cercamia eremia"
[117] "Pomacanthus xanthometopon"
[118] "Plectropomus areolatus"
[119] "Sueviota sp. MOOP_2911"
[120] "Thalassoma quinquevittatum"
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[122] "Pomadasys sp. CBM:ZF:18112"
[123] "Acanthurus triostegus"
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[126] "Conger cinereus"
[127] "Photopectoralis bindus"
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[130] "Myripristis pralinia"
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[139] "Lethrinus olivaceus"
[140] "Salarias sinuosus"
[141] "Scarus psittacus"
[142] "Gnathodentex aureolineatus"
[143] "Sphaeramia orbicularis"
[144] "Amblygobius phalaena"
[145] "Callionymus simplicicornis"
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[153] "Gymnothorax pindae"
[154] "Lethrinus lentjan"
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[156] "Moringua javanica"
[157] "Lutjanus monostigma"
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[159] "Cymbacephalus beauforti"
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[162] "Stolephorus teguhi"
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[169] "Aurigequula fasciata"
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[171] "Oxyporhamphus micropterus"
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[178] "Ophiocara porocephala"
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[190] "Pseudochromis marshallensis"
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[196] "Gerres oblongus"
[197] "Naso brachycentron"
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[199] "Diproctacanthus xanthurus"
[200] "Apogonichthyoides melas"
[201] "Epinephelus merra"
[202] "Parioglossus palustris"
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[206] "Eviota guttata"
[207] "Rhinecanthus verrucosus"
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[209] "Cryptocentrus melanopus"
[210] "Rudarius ercodes"
[211] "Acanthurus olivaceus"
[212] "Fibramia amboinensis"
[213] "Acanthurus nigrofuscus"
[214] "Lubbockichthys sp. MOOP_6973"
[215] "Enchelycore kamara"
[216] "Hipposcarus longiceps"
[217] "Atherinomorus cf. regina FRLM:40035"
[218] "Chaetodon octofasciatus"
[219] "Favonigobius sp. OCF-P3775"
[220] "Lethrinus haematopterus"
[221] "Rhinecanthus aculeatus"
[222] "Saurida gracilis"
[223] "Pristiapogon kallopterus"
[224] "Diplogrammus xenicus"
[225] "Chaetodon vagabundus"
[226] "Cephalopholis argus"
[227] "Lethrinus xanthochilus"
[228] "Cryptobranchus alleganiensis"
[229] "Epinephelus hexagonatus"
[230] "Nectamia fusca"
[231] "Chlorurus bleekeri"
[232] "Chrysiptera oxycephala"
[233] "Gobiopsis arenaria"
[234] "Cheilinus undulatus"
[235] "Scorpaenopsis possi"
[236] "Myripristis hexagona"
[237] "Chaetodipterus faber"
[238] "Halichoeres leucurus"
[239] "Calotomus spinidens"
[240] "Cantherhines dumerilii"
[241] "Sus scrofa"
[242] "Abudefduf septemfasciatus"
[243] "Diaphus bertelseni"
[244] "Neoniphon aurolineatus"
[245] "Gunnellichthys monostigma"
[246] "Zebrasoma velifer"
[247] "Fistularia commersonii"
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[260] "Brevoortia tyrannus"
[261] "Plectroglyphidodon leucozonus"
[262] "Callogobius maculipinnis"
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[273] "Neoniphon argenteus"
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[279] "Symphorichthys spilurus"
[280] "Nectamia savayensis"
[281] "Albula glossodonta"
[282] "Diodon liturosus"
[283] "Acentrogobius janthinopterus"
[284] "Salmo salar"
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[290] "Lampris guttatus"
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[292] "Prionace glauca"
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[294] "Elagatis bipinnulata"
[295] "Scarus forsteni"
[296] "Oxycheilinus unifasciatus"
[297] "Trachinotus blochii"
[298] "Stethojulis bandanensis"
[299] "Stegastes lividus"
[300] "Novaculoides macrolepidotus"
[301] "Pseudogramma polyacantha"
[302] "Scarus ghobban"
[303] "Aseraggodes cheni"
[304] "Macrodontogobius wilburi"
[305] "Cryptocentrus nigrocellatus"
[306] "Chromis vanderbilti"
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[308] "Scorpaenodes guamensis"
[309] "Fusigobius signipinnis"
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[314] "Gnatholepis cauerensis"
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[317] "Halichoeres nebulosus"
[318] "Aluterus scriptus"
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[321] "Sargocentron spiniferum"
[322] "Antennatus dorehensis"
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[331] "Cymolutes torquatus"
[332] "Epinephelus fuscoguttatus x Epinephelus polyphekadion"
[333] "Upeneus tragula"
[334] "Chromis ternatensis"
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[344] "Centropyge tibicen"
[345] "Oncorhynchus kisutch"
[346] "Cabillus tongarevae"
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[348] "Pseudocheilinus evanidus"
[349] "Acanthurus leucopareius"
[350] "Redigobius bikolanus"
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[10] "Cociella punctata"
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[23] "Cryptocentrus melanopus"
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[89] "Upeneus guttatus"
[90] "Amblygobius phalaena"
[91] "Lethrinus harak"
[92] "Exyrias puntang"
[93] "Cantherhines dumerilii"
[94] "Parioglossus palustris"
[95] "Myripristis adusta"
[96] "Myripristis greenfieldi"
[97] "Atherinomorus cf. regina FRLM:40035"
[98] "Pristicon rhodopterus"
[99] "Naso vlamingii"
[100] "Tylosurus acus"
[101] "Decapterus macarellus"
[102] "Lampris guttatus"
[103] "Symbolophorus evermanni"
[104] "Coptodon zillii"
[105] "Aurigequula fasciata"
[106] "Gymnothorax buroensis"
[107] "Parupeneus barberinus"
[108] "Cryptocentrus caeruleomaculatus"
[109] "Strongylura incisa"
[110] "Chanos chanos"
[111] "Hypoatherina celebesensis"
[112] "Naso brachycentron"
[113] "Leptoscarus vaigienis"
[114] "Pseudogramma brederi"
[115] "Acanthurus nigricauda"
[116] "Enchelycore bayeri"
[117] "Hemiglyphidodon plagiometopon"
[118] "Ptereleotris heteroptera"
[119] "Exocoetus volitans"
[120] "Megalaspis cordyla"
[121] "Oxycheilinus unifasciatus"
[122] "Pomacentrus vaiuli"
[123] "Favonigobius sp. OCF-P3775"
[124] "Pleurosicya bilobata"
[125] "Cyclothone alba"
[126] "Diproctacanthus xanthurus"
[127] "Felis catus"
[128] "Cyprinella spiloptera"
[129] "Enchelycore kamara"
[130] "Ctenogobiops feroculus"
[131] "Dascyllus trimaculatus"
[132] "Hemiramphus convexus"
[133] "Acanthurus leucopareius"
[134] "Lutjanus gibbus"
[135] "Eugerres plumieri"
[136] "Siganus argenteus"
[137] "Scarus rubroviolaceus"
[138] "Hemigymnus melapterus"
[139] "Lampadena luminosa"
[140] "Callionymus simplicicornis"
[141] "Eviota guttata"
[142] "Acanthurus lineatus"
[143] "Chaetodon octofasciatus"
[144] "Pseudodax moluccanus"
[145] "Neoniphon sammara"
[146] "Pterocaesio tile"
[147] "Katsuwonus pelamis"
[148] "Thymallus arcticus"
[149] "Bolinichthys longipes"
[150] "Amblygobius nocturnus"
[151] "Mugilogobius sp. 'tanuki-haze'"
[152] "Lutjanus fulvus"
[153] "Pomacentrus pavo"
[154] "Pristiapogon exostigma"
[155] "Conger cinereus"
[156] "Lutjanus monostigma"
[157] "Fundulus heteroclitus"
[158] "Synodus dermatogenys"
[159] "Ecsenius yaeyamaensis"
[160] "Amblygaster leiogaster"
[161] "Prionace glauca"
[162] "Atule mate"
[163] "Plectropomus leopardus"
[164] "Uropterygius alboguttatus"
[165] "Caranx ignobilis"
[166] "Diodon liturosus"
[167] "Halichoeres trimaculatus"
[168] "Caracanthus unipinna"
[169] "Novaculichthys taeniourus"
[170] "Lethrinus olivaceus"
[171] "Gymnothorax thyrsoideus"
[172] "Monodactylus argenteus"
[173] "Cephalopholis argus"
[174] "Pseudochromis tapeinosoma"
[175] "Pseudorca crassidens"
[176] "Gnathodentex aureolineatus"
[177] "Cryptocentrus nigrocellatus"
[178] "Halichoeres leucurus"
[179] "Epinephelus merra"
[180] "Gobiosoma ginsburgi"
[181] "Ovibos moschatus"
[182] "Caesio caerulaurea"
[183] "Diaphus brachycephalus"
[184] "Apogon hyalosoma"
[185] "Carangoides plagiotaenia"
[186] "Lethrinus lentjan"
[187] "Gerres longirostris"
[188] "Gymnothorax zonipectis"
[189] "Balistapus undulatus"
[190] "Acentrogobius janthinopterus"
[191] "Valenciennea longipinnis"
[192] "Upeneus tragula"
[193] "Sargocentron spiniferum"
[194] "Photopectoralis bindus"
[195] "Calotomus spinidens"
[196] "Macolor macularis"
[197] "Ctenochaetus binotatus"
[198] "Cheilopogon atrisignis"
[199] "Salarias segmentatus"
[200] "Oncorhynchus tshawytscha"
[201] "Myripristis violacea"
[202] "Foa fo"
[203] "Heteropriacanthus cruentatus"
[204] "Choerodon anchorago"
[205] "Uropterygius micropterus"
[206] "Halichoeres hortulanus"
[207] "Coris batuensis"
[208] "Myripristis hexagona"
[209] "Symphorichthys spilurus"
[210] "Eviota prasina"
[211] "Scarus ghobban"
[212] "Cheilodipterus quinquelineatus"
[213] "Rhinecanthus verrucosus"
[214] "Gomphosus varius"
[215] "Gempylus serpens"
[216] "Gnatholepis anjerensis"
[217] "Neoniphon aurolineatus"
[218] "Salarias sinuosus"
[219] "Engraulis mordax"
[220] "Pristicon trimaculatus"
[221] "Cymbacephalus beauforti"
[222] "Koumansetta hectori"
[223] "Abudefduf septemfasciatus"
[224] "Amblygobius decussatus"
[225] "Sargocentron tiere"
[226] "Grammatorcynus bilineatus"
[227] "Amblygaster sirm"
[228] "Fistularia commersonii"
[229] "Rhabdamia spilota"
[230] "Sander vitreus"
[231] "Gymnothorax pindae"
[232] "Siganus doliatus"
[233] "Chromis viridis"
[234] "Barbatula barbatula"
[235] "Hemiramphus far"
[236] "Stegastes lividus"
[237] "Tylosurus crocodilus"
[238] "Lethrinus xanthochilus"
[239] "Chaetodipterus faber"
[240] "Eviota shimadai"
[241] "Chaetodon semeion"
[242] "Stegastes nigricans"
[243] "Cypselurus angusticeps"
[244] "Scorpaenodes guamensis"
[245] "Fundulus grandis"
[246] "Pervagor nigrolineatus"
[247] "Cirripectes imitator"
[248] "Ctenochaetus hawaiiensis"
[249] "Diaphus bertelseni"
[250] "Cephalopholis urodeta"
[251] "Eviota punctulata"
[252] "Mugil curema"
[253] "Gunnellichthys monostigma"
[254] "Sphyraena obtusata"
[255] "Cheilopogon spilonotopterus"
[256] "Canis lupus"
[257] "Naso unicornis"
[258] "Salmo salar"
[259] "Parapercis cylindrica"
[260] "Chaetodon vagabundus"
[261] "Novaculoides macrolepidotus"
[262] "Chlorurus japanensis"
[263] "Chrysiptera glauca"
[264] "Sphyraena putnamae"
[265] "Epinephelus polyphekadion"
[266] "Gymnothorax margaritophorus"
[267] "Prognichthys sealei"
[268] "Stenella attenuata"
[269] "Callionymus marquesensis"
[270] "Apogonichthyoides melas"
[271] "Gymnothorax fimbriatus"
[272] "Herklotsichthys quadrimaculatus"
[273] "Enchelynassa canina"
[274] "Eviota bifasciata"
[275] "Scorpaenopsis possi"
[276] "Aprion virescens"
[277] "Trachinotus blochii"
[278] "Sebastapistes strongia"
[279] "Pseudocheilinus evanidus"
[280] "Sargocentron microstoma"
[281] "Pterocaesio digramma"
[282] "Gobio gobio"
[283] "Naso lituratus"
[284] "Saurida nebulosa"
[285] "Pomacentrus burroughi"
[286] "Lutjanus fulviflamma"
[287] "Myripristis chryseres"
[288] "Plectroglyphidodon lacrymatus"
[289] "Plectroglyphidodon leucozonus"
[290] "Cymolutes praetextatus"
[291] "Chromis ternatensis"
[292] "Megalops cyprinoides"
[293] "Aluterus scriptus"
[294] "Chromis lepidolepis"
[295] "Stenella longirostris"
[296] "Chlorurus bleekeri"
[297] "Schindleria praematura"
[298] "Coryphaena hippurus"
[299] "Fowleria variegata"
[300] "Rudarius ercodes"
[301] "Stethojulis trilineata"
[302] "Centropyge tibicen"
[303] "Bostrychus sinensis"
[304] "Redigobius bikolanus"
[305] "Epinephelus fuscoguttatus x Epinephelus polyphekadion"
[306] "Siganus spinus"
[307] "Toxotes jaculatrix"
[308] "Pterocaesio tessellata"
[309] "Cheiloprion labiatus"
[310] "Plectorhinchus lineatus"
[311] "Moringua javanica"
[312] "Labroides dimidiatus"
[313] "Oncorhynchus kisutch"
[314] "Verulux cypselurus"
[315] "Gymnothorax australicola"
[316] "Salarias ceramensis"
[317] "Gobiopsis arenaria"
[318] "Rhinecanthus aculeatus"
[319] "Sebastapistes sp. OCF-P20130923-2"
[320] "Morone americana"
[321] "Zoramia viridiventer"
[322] "Plectrypops lima"
[323] "Pseudogramma polyacantha"
[324] "Auxis thazard"
[325] "Neoniphon opercularis"
[326] "Callogobius maculipinnis"
[327] "Lethrinus reticulatus"
[328] "Fusigobius signipinnis"
[329] "Scomberoides lysan"
[330] "Scarus schlegeli"
[331] "Fundulus zebrinus"
[332] "Amblycirrhitus bimacula"
[333] "Parexocoetus mento"
[334] "Saurida gracilis"
[335] "Ptereleotris evides"
[336] "Halichoeres melanurus"
[337] "Chaetodon citrinellus"
[338] "Scarus rivulatus"
[339] "Stethojulis bandanensis"
[340] "Enneapterygius tutuilae"
[341] "Chaetodon auriga"
[342] "Eviota masudai"
[343] "Fibramia thermalis"
[344] "Carapus mourlani"
[345] "Anoplopoma fimbria"
[346] "Sphaeramia orbicularis"
[347] "Atherinomorus lacunosus"
[348] "Xanthichthys caeruleolineatus"
[349] "Ariosoma scheelei"
[350] "Oxycheilinus digramma"
[351] "Epinephelus tauvina"
[352] "Oxyporhamphus micropterus"
[353] "Iso flosmaris"
[354] "Blenniella sp. MOH-040"
[355] "Cymolutes torquatus"
[356] "Diaphus sp. CBM DNA No. 2014-626"
[357] "Gnatholepis cauerensis"
[358] "Scarus niger"
[359] "Butis butis"
[360] "Decapterus muroadsi"
[361] "Couesius plumbeus"
[362] "Euthynnus affinis"
[363] "Stethojulis strigiventer"
[364] "Valenciennea sexguttata"
[365] "Myripristis vittata"
[366] "Taractes rubescens"
[367] "Eviota latifasciata"
[368] "Encrasicholina heteroloba"
[369] "Exyrias belissimus"
[370] "Gibbonsia montereyensis"
[371] "Scarus forsteni"
[372] "Scomberomorus sinensis"
[373] "Centrobranchus andreae"
[374] "Cryptobranchus alleganiensis"
[375] "Neoniphon argenteus"
[376] "Thalassoma amblycephalum"
[377] "Moringua edwardsi"
[378] "Diplogrammus xenicus"
[379] "Thalassoma hardwicke"
[380] "Nannosalarias nativitatis"
[381] "Parupeneus indicus"
[382] "Caranx papuensis"
[383] "Sufflamen bursa"
[384] "Dischistodus melanotus"
[385] "Sargocentron diadema"
[386] "Pseudochromis marshallensis"
[387] "Chrysiptera oxycephala"
[388] "Gymnothorax flavimarginatus"
[389] "Elagatis bipinnulata"
[390] "Acanthurus mata"
[391] "Amblyeleotris steinitzi"
[392] "Bos taurus"
[393] "Lutjanus kasmira"
[394] "Gnathanodon speciosus"
[395] "Pseudochromis fuscus"
[396] "Epinephelus hexagonatus"
[397] "Siphamia tubifer"
[398] "Myctophum brachygnathum"
[399] "Sargocentron punctatissimum"
[400] "Halichoeres nebulosus"
[401] "Plectroglyphidodon imparipennis"
[402] "Sphyraena iburiensis"
[403] "Cabillus tongarevae"
[404] "Cirrhitus pinnulatus" Code
offshore_esv_sp_wo0 <- read.csv(here("products/offshore_esv_sp_wo0.csv"),header = TRUE)
unique(offshore_esv_sp_wo0$Species) [1] "" "Myctophum lychnobium"
[3] "Exocoetus volitans" "Decapterus macarellus"
[5] "Katsuwonus pelamis" "Oncorhynchus tshawytscha"
[7] "Prognichthys sealei" "Selar crumenophthalmus"
[9] "Anoplopoma fimbria" "Homo sapiens"
[11] "Citharichthys sordidus" "Oncorhynchus mykiss"
[13] "Symbolophorus evermanni" "Oxyporhamphus micropterus"
[15] "Hygophum sp. CBM:ZF:14740" "Cheilopogon atrisignis"
[17] "Gempylus serpens" "Fundulus zebrinus"
[19] "Microgobius thalassinus" "Acanthurus triostegus"
[21] "Couesius plumbeus" "Chaetodipterus faber"
[23] "Cheilopogon spilonotopterus" "Myctophum brachygnathum"
[25] "Mugil cephalus" "Gobio gobio"
[27] "Ptereleotris heteroptera" "Myripristis vittata"
[29] "Mulloidichthys flavolineatus" "Morone americana"
[31] "Decapterus muroadsi" "Eugerres plumieri"
[33] "Centrobranchus andreae" "Sus scrofa"
[35] "Caranx papuensis" "Taractes rubescens"
[37] "Brevoortia tyrannus" "Engraulis mordax"
[39] "Ovibos moschatus" "Parupeneus barberinus"
[41] "Vinciguerria sp. CBM:ZF:14736" "Callionymus marquesensis"
[43] "Diaphus splendidus" "Cypselurus angusticeps"
[45] "Pseudorca crassidens" "Coptodon zillii"
[47] "Lampadena luminosa" "Lagodon rhomboides"
[49] "Cyclothone alba" "Myripristis chryseres"
[51] "Thymallus arcticus" "Cyprinella spiloptera"
[53] "Stenella attenuata" "Naso unicornis"
[55] "Uropterygius micropterus" "Barbatula barbatula"
[57] "Scarus schlegeli" "Hemiramphus convexus"
[59] "Euthynnus affinis" "Xanthichthys caeruleolineatus"
[61] "Catostomus catostomus" "Stenella longirostris"
[63] "Gobiosoma ginsburgi" "Amblygaster sirm"
[65] "Bos taurus" "Prionace glauca"
[67] "Coryphaena hippurus" "Gibbonsia montereyensis"
[69] "Canis lupus" "Tylosurus acus"
[71] "Felis catus" "Lampris guttatus"
[73] "Lutjanus kasmira" "Chromis vanderbilti"
[75] "Sufflamen bursa" "Acanthurus nigrofuscus"
[77] "Cirripectes imitator" "Chlorurus sordidus"
[79] "Diaphus brachycephalus" "Ctenochaetus hawaiiensis"
[81] "Oncorhynchus kisutch" "Plectroglyphidodon imparipennis"
[83] "Parupeneus cyclostomus" "Enchelynassa canina"
[85] "Lutjanus monostigma" "Iso flosmaris"
[87] "Cirrhitus pinnulatus" "Pseudogramma brederi"
[89] "Fundulus heteroclitus" "Gomphosus varius"
[91] "Plectrypops lima" "Amblycirrhitus bimacula" Code
n_distinct(offshore_esv_sp_wo0$Species)[1] 92Unique species Nearshore & Offshore
Code
n_distinct(esv_read_data$Species)[1] 404Unique species
Code
#esv_list <- read.csv(here("data/JVB1710-MiFishU-esv-data.csv"),header = TRUE)
#glimpse(esv_list)
#str(esv_list)
#n_distinct(esv_list$Species)
#unique(esv_list$Species)
n_distinct(esv_read_data$Species)[1] 404Code
unique(esv_read_data$Species) [1] "Lethrinus erythracanthus"
[2] "Acanthurus triostegus"
[3] ""
[4] "Erythrocles schlegelii"
[5] "Oncorhynchus mykiss"
[6] "Chrysiptera cyanea"
[7] "Neopomacentrus nemurus"
[8] "Chlorurus sordidus"
[9] "Lubbockichthys sp. MOOP_6973"
[10] "Cociella punctata"
[11] "Chaetodon ulietensis"
[12] "Sus scrofa"
[13] "Pristiapogon kallopterus"
[14] "Zenarchopterus buffonis"
[15] "Aseraggodes cheni"
[16] "Brevoortia tyrannus"
[17] "Homo sapiens"
[18] "Lutjanus bohar"
[19] "Gazza achlamys"
[20] "Acanthurus nigrofuscus"
[21] "Cercamia eremia"
[22] "Hipposcarus longiceps"
[23] "Cryptocentrus melanopus"
[24] "Mulloidichthys flavolineatus"
[25] "Monotaxis grandoculis"
[26] "Lethrinus haematopterus"
[27] "Scarus psittacus"
[28] "Spratelloides delicatulus"
[29] "Stenatherina panatela"
[30] "Lagodon rhomboides"
[31] "Chromis vanderbilti"
[32] "Thalassoma quinquevittatum"
[33] "Myctophum sp. FLMOO_1333"
[34] "Gymnothorax chilospilus"
[35] "Fibramia amboinensis"
[36] "Zebrasoma velifer"
[37] "Lethrinus obsoletus"
[38] "Plectorhinchus chaetodonoides"
[39] "Platax orbicularis"
[40] "Chaetodontoplus poliourus"
[41] "Caesio cuning"
[42] "Ctenochaetus striatus"
[43] "Microgobius thalassinus"
[44] "Zoramia leptacantha"
[45] "Petroscirtes mitratus"
[46] "Pomacanthus xanthometopon"
[47] "Selar crumenophthalmus"
[48] "Asterropteryx semipunctata"
[49] "Antennatus dorehensis"
[50] "Sueviota sp. MOOP_2911"
[51] "Gymnothorax richardsonii"
[52] "Cheilinus undulatus"
[53] "Oplopomus oplopomus"
[54] "Plectropomus areolatus"
[55] "Gerres oblongus"
[56] "Atherinomorus sp. OCNSW33"
[57] "Upeneus sulphureus"
[58] "Nectamia savayensis"
[59] "Citharichthys sordidus"
[60] "Leiuranus semicinctus"
[61] "Scarus dimidiatus"
[62] "Plectroglyphidodon dickii"
[63] "Nectamia fusca"
[64] "Fowleria isostigma"
[65] "Catostomus catostomus"
[66] "Ophiocara porocephala"
[67] "Parupeneus cyclostomus"
[68] "Myctophum lychnobium"
[69] "Pomadasys sp. CBM:ZF:18112"
[70] "Mugil cephalus"
[71] "Plectorhinchus schotaf"
[72] "Trimma striatum"
[73] "Scolopsis bilineata"
[74] "Lethrinus atkinsoni"
[75] "Gerres erythrourus"
[76] "Hygophum sp. CBM:ZF:14740"
[77] "Stolephorus teguhi"
[78] "Callogobius sp. 'misuji-haze'"
[79] "Albula glossodonta"
[80] "Vinciguerria sp. CBM:ZF:14736"
[81] "Myripristis pralinia"
[82] "Callionymus enneactis"
[83] "Macrodontogobius wilburi"
[84] "Diaphus splendidus"
[85] "Acanthurus olivaceus"
[86] "Hyporhamphus yuri"
[87] "Chaetodon ephippium"
[88] "Sphaeramia nematoptera"
[89] "Upeneus guttatus"
[90] "Amblygobius phalaena"
[91] "Lethrinus harak"
[92] "Exyrias puntang"
[93] "Cantherhines dumerilii"
[94] "Parioglossus palustris"
[95] "Myripristis adusta"
[96] "Myripristis greenfieldi"
[97] "Atherinomorus cf. regina FRLM:40035"
[98] "Pristicon rhodopterus"
[99] "Naso vlamingii"
[100] "Tylosurus acus"
[101] "Decapterus macarellus"
[102] "Lampris guttatus"
[103] "Symbolophorus evermanni"
[104] "Coptodon zillii"
[105] "Aurigequula fasciata"
[106] "Gymnothorax buroensis"
[107] "Parupeneus barberinus"
[108] "Cryptocentrus caeruleomaculatus"
[109] "Strongylura incisa"
[110] "Chanos chanos"
[111] "Hypoatherina celebesensis"
[112] "Naso brachycentron"
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[114] "Pseudogramma brederi"
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[117] "Hemiglyphidodon plagiometopon"
[118] "Ptereleotris heteroptera"
[119] "Exocoetus volitans"
[120] "Megalaspis cordyla"
[121] "Oxycheilinus unifasciatus"
[122] "Pomacentrus vaiuli"
[123] "Favonigobius sp. OCF-P3775"
[124] "Pleurosicya bilobata"
[125] "Cyclothone alba"
[126] "Diproctacanthus xanthurus"
[127] "Felis catus"
[128] "Cyprinella spiloptera"
[129] "Enchelycore kamara"
[130] "Ctenogobiops feroculus"
[131] "Dascyllus trimaculatus"
[132] "Hemiramphus convexus"
[133] "Acanthurus leucopareius"
[134] "Lutjanus gibbus"
[135] "Eugerres plumieri"
[136] "Siganus argenteus"
[137] "Scarus rubroviolaceus"
[138] "Hemigymnus melapterus"
[139] "Lampadena luminosa"
[140] "Callionymus simplicicornis"
[141] "Eviota guttata"
[142] "Acanthurus lineatus"
[143] "Chaetodon octofasciatus"
[144] "Pseudodax moluccanus"
[145] "Neoniphon sammara"
[146] "Pterocaesio tile"
[147] "Katsuwonus pelamis"
[148] "Thymallus arcticus"
[149] "Bolinichthys longipes"
[150] "Amblygobius nocturnus"
[151] "Mugilogobius sp. 'tanuki-haze'"
[152] "Lutjanus fulvus"
[153] "Pomacentrus pavo"
[154] "Pristiapogon exostigma"
[155] "Conger cinereus"
[156] "Lutjanus monostigma"
[157] "Fundulus heteroclitus"
[158] "Synodus dermatogenys"
[159] "Ecsenius yaeyamaensis"
[160] "Amblygaster leiogaster"
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[163] "Plectropomus leopardus"
[164] "Uropterygius alboguttatus"
[165] "Caranx ignobilis"
[166] "Diodon liturosus"
[167] "Halichoeres trimaculatus"
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[200] "Oncorhynchus tshawytscha"
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[199] "Scorpaenodes" "Pervagor" "Cirripectes"
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[58] "20211109_N_ FRR_80_R1_B-S049370.1"
[59] "20211109_N_ FRR_80_R2_B-S049371.1"
[60] "20211109_N_ FRR_80_R3_B-S049372.1"
[61] "20211109_N_ FRR_80_R4_B-S049373.1"
[62] "20211109_N_ FRR_80_R5_B-S049374.1"
[63] "20211109_N_BLNK_B-S049375.1"
[64] "20211110_E_ FRR_90_R1_B-S049376.1"
[65] "20211110_E_ FRR_90_R2_B-S049377.1"
[66] "20211110_E_ FRR_90_R3_B-S049378.1"
[67] "20211110_E_ FRR_90_R4_B-S049379.1"
[68] "20211110_E_ FRR_90_R5_B-S049380.1"
[69] "20211110_E_ LGN_91_R1_B-S049381.1"
[70] "20211110_E_ LGN_91_R2_B-S049382.1"
[71] "20211110_E_ LGN_91_R3_B-S049383.1"
[72] "20211110_E_ LGN_91_R4_B-S049384.1"
[73] "20211110_E_ LGN_91_R5_B-S049385.1"
[74] "20211110_E_ SHR_92_R1_B-S049386.1"
[75] "20211110_E_ SHR_92_R2_B-S049387.1"
[76] "20211110_E_ SHR_92_R3_B-S049388.1"
[77] "20211110_E_ SHR_92_R4_B-S049389.1"
[78] "20211110_E_ SHR_92_R5_B-S049390.1"
[79] "20211110_E_BLNK_B-S049391.0"
[80] "20211111_W_ FRR_70_R1_B-S049392.1"
[81] "20211111_W_ FRR_70_R2_B-S049393.1"
[82] "20211111_W_ FRR_70_R3_B-S049394.1"
[83] "20211111_W_ FRR_70_R4_B-S049395.1"
[84] "20211111_W_ FRR_70_R5_B-S049396.1"
[85] "20211111_W_ LGN_71_R3_B-S049397.1"
[86] "20211111_W_ LGN_71_R4_B-S049398.1"
[87] "20211111_W_ LGN_71_R5_B-S049399.1"
[88] "20211111_W_ SHR_72_R3_B-S049400.1"
[89] "20211111_W_ SHR_72_R4_B-S049401.1"
[90] "20211111_W_ SHR_72_R5_B-S049402.1"
[91] "20211111_W_BLNK_B-S049403.1"
[92] "20211115_E_ AFZ_40_R1_B-S049404.1"
[93] "20211115_E_ AFZ_40_R2_B-S049405.1"
[94] "20211115_E_ AFZ_40_R3_B-S049406.1"
[95] "20211115_E_ AFZ_40_R4_B-S049407.1"
[96] "20211115_E_ AFZ_40_R5_B-S049408.1"
[97] "20211115_E_ NMS_S41_R1_B-S049409.1"
[98] "20211115_E_ NMS_S41_R2_B-S049410.1"
[99] "20211115_E_ NMS_S41_R3_B-S049411.1"
[100] "20211115_E_ NMS_S41_R4_B-S049412.1"
[101] "20211115_E_ NMS_S41_R5_B-S049413.1"
[102] "20211115_E_ NMS_S44_R1_B-S049414.1"
[103] "20211115_E_ NMS_S44_R2_B-S049415.1"
[104] "20211115_E_ NMS_S44_R3_B-S049416.1"
[105] "20211115_E_ NMS_S44_R4_B-S049417.1"
[106] "20211115_E_ NMS_S44_R5_B-S049418.1"
[107] "20211115_E_ NMS_S44_Blnk_B-S049419.1"
[108] "20211116_N_ NMS_S12_R3_B-S049420.1"
[109] "20211116_N_ NMS_S12_R4_B-S049421.1"
[110] "20211116_N_ NMS_S12_R5_B-S049422.1"
[111] "20211116_N_ NMS_S13_R3_B-S049423.1"
[112] "20211116_N_ NMS_S13_R4_B-S049424.1"
[113] "20211116_N_ NMS_S13_R5_B-S049425.1"
[114] "20211116_N_ NMS_S14_R1_B-S049426.1"
[115] "20211116_N_ NMS_S14_R2_B-S049427.1"
[116] "20211116_N_ NMS_S14_R3_B-S049428.1"
[117] "20211116_N_ NMS_S14_R4_B-S049429.1"
[118] "20211116_N_ NMS_S14_R5_B-S049430.1"
[119] "20211116_N_ NMS_S11_R1_B-S049431.1"
[120] "20211116_N_ NMS_S11_R2_B-S049432.1"
[121] "20211116_N_ NMS_S11_R3_B-S049433.1"
[122] "20211116_N_ NMS_S11_R5_B-S049434.1"
[123] "20211116_N_AFZ_S10_R1_B-S049435.1"
[124] "20211116_N_ NMS_S11_R4_B-S049436.1"
[125] "20211116_N_AFZ_S10_R2_B-S049437.1"
[126] "20211116_N_AFZ_S10_R3_B-S049438.1"
[127] "20211116_N_AFZ_S10_R4_B-S049439.1"
[128] "20211116_N_AFZ_S10_R5_B-S049440.1"
[129] "20211116_N_AFZ_S10_Blnk_B-S049441.1"
[130] "20211117_W_AFZ_S20_R1_B-S049442.1"
[131] "20211117_W_AFZ_S20_R2_B-S049443.1"
[132] "20211117_W_AFZ_S20_R3_B-S049444.1"
[133] "20211117_W_AFZ_S20_R4_B-S049445.1"
[134] "20211117_W_AFZ_S20_R5_B-S049446.1"
[135] "20211117_W_ DFZ_S24_R1_B-S049447.1"
[136] "20211117_W_ DFZ_S24_R2_B-S049448.1"
[137] "20211117_W_ DFZ_S24_R3_B-S049449.1"
[138] "20211117_W_ DFZ_S24_R4_B-S049450.1"
[139] "20211117_W_ DFZ_S24_R5_B-S049451.1"
[140] "20211117_W_ DFZ_S21_R1_B-S049452.1"
[141] "20211117_W_ DFZ_S21_R2_B-S049453.1"
[142] "20211117_W_ DFZ_S21_R3_B-S049454.1"
[143] "20211117_W_ DFZ_S21_R4_B-S049455.1"
[144] "20211117_W_ DFZ_S21_R5_B-S049456.1"
[145] "20211117_W_ DFZ_S22_R1_B-S049457.1"
[146] "20211117_W_ DFZ_S22_R2_B-S049458.1"
[147] "20211117_W_ DFZ_S22_R3_B-S049459.1"
[148] "20211117_W_ DFZ_S22_R4_B-S049460.1"
[149] "20211117_W_ DFZ_S22_R5_B-S049461.1"
[150] "20211117_W_ DFZ_S23_R1_B-S049462.1"
[151] "20211117_W_ DFZ_S23_R2_B-S049463.1"
[152] "20211117_W_ DFZ_S23_R3_B-S049464.1"
[153] "20211117_W_ DFZ_S23_R4_B-S049465.1"
[154] "20211117_W_ DFZ_S23_R5_B-S049466.1"
[155] "20211117_W_ DFZ_S23_Blnk_B-S049467.1"
[156] "20211118_S_ NMS_S31_R1_B-S049468.1"
[157] "20211118_S_ NMS_S31_R2_B-S049469.1"
[158] "20211118_S_ NMS_S31_R3_B-S049470.1"
[159] "20211118_S_ NMS_S31_R4_B-S049471.1"
[160] "20211118_S_ NMS_S31_R5_B-S049472.1"
[161] "20211118_S_ NMS_S32_R3_B-S049473.1"
[162] "20211118_S_ NMS_S32_R4_B-S049474.1"
[163] "20211118_S_ NMS_S32_R5_B-S049475.1"
[164] "20211118_S_ NMS_S33_R3_B-S049476.1"
[165] "20211118_S_ NMS_S33_R4_B-S049477.1"
[166] "20211118_S_ NMS_S33_R5_B-S049478.1"
[167] "20211118_S_ NMS_S34_R1_B-S049479.1"
[168] "20211118_S_ NMS_S34_R2_B-S049480.1"
[169] "20211118_S_ NMS_S34_R3_B-S049481.1"
[170] "20211118_S_ NMS_S34_R4_B-S049482.1"
[171] "20211118_S_ NMS_S34_R5_B-S049483.1"
[172] "20211118_S_ AFZ_S30_R1_B-S049484.1"
[173] "20211118_S_ AFZ_S30_R2_B-S049485.1"
[174] "20211118_S_ AFZ_S30_R3_B-S049486.1"
[175] "20211118_S_ AFZ_S30_R4_B-S049487.1"
[176] "20211118_S_ AFZ_S30_R5_B-S049488.1"
[177] "20211118_S_ AFZ_S30_Blnk_B-S049489.1"
[178] "20211119_E_ NMS_S43_R1_A-S049490.1"
[179] "20211119_E_ NMS_S43_R2_B-S049491.1"
[180] "20211119_E_ NMS_S43_R3_B-S049492.1"
[181] "20211119_E_ NMS_S43_R4_B-S049493.1"
[182] "20211119_E_ NMS_S43_R5_B-S049494.1"
[183] "20211119_E_ NMS_S42_R1_B-S049495.1"
[184] "20211119_E_ NMS_S42_R2_B-S049496.1"
[185] "20211119_E_ NMS_S42_R3_B-S049497.1"
[186] "20211119_E_ NMS_S42_R4_B-S049498.1"
[187] "20211119_E_ NMS_S42_R5_B-S049499.1"
[188] "20211119_E_ NMS_S42_Blnk_B-S049500.1"
[189] "StanfordCOS_Trout-S049501.1"
[190] "StanfordCOS_BlackCod-S049502.1"
[191] "StanfordCOS_BigEyeTuna-S049503.1"
[192] "StanfordCOS_KingSalmon-S049504.1"
[193] "StanfordCOS_Opah-S049505.1"
[194] "StanfordCOS_SandDab-S049506.1"
[195] "StanfordCOS_YellowfinTuna-S049507.1"
[196] "StanfordCOS_BluefinTuna-S049508.1" Code
#create an OTU/ESV count table
esv_read_count <- select(esv_read_data, -c(1))
esv_read_count <- select(esv_read_count, -c(2:18))
esv_read_count <- data.frame(esv_read_count, row.names = 1)
#names(esv_read_count)
#remove_prefix(esv_read_count, c("X")) %>% names()
class(esv_read_count)[1] "data.frame"Code
esv_read_count_m <- as.matrix(esv_read_count)
esv_read_count_m X20211109_N_.SHR_82_R1_B.S046414.2
ESV_040662 0
ESV_042185 0
ESV_042426 0
ESV_041162 0
ESV_041232 0
ESV_010005 0
ESV_042201 0
ESV_007755 0
ESV_040858 0
ESV_041268 0
ESV_042471 0
ESV_041867 0
ESV_040777 0
ESV_040947 0
ESV_041037 0
ESV_040592 0
ESV_040642 0
ESV_041006 0
ESV_040620 0
ESV_041723 0
ESV_042432 0
ESV_036366 0
ESV_040819 0
ESV_041136 0
ESV_025426 0
ESV_040473 0
ESV_041038 0
ESV_041655 0
ESV_041768 0
ESV_042429 0
ESV_040664 0
ESV_000801 0
ESV_042251 0
ESV_040522 0
ESV_040945 0
ESV_042210 0
ESV_000929 0
ESV_010247 0
ESV_041291 0
ESV_042282 0
ESV_039699 0
ESV_040614 0
ESV_041819 0
ESV_042410 0
ESV_041159 0
ESV_041270 0
ESV_040926 0
ESV_040885 0
ESV_040534 0
ESV_040932 0
ESV_040479 0
ESV_040925 0
ESV_040768 0
ESV_035510 0
ESV_041123 0
ESV_042239 0
ESV_040686 0
ESV_025394 0
ESV_042052 0
ESV_041063 0
ESV_001870 0
ESV_040375 0
ESV_041215 0
ESV_040707 0
ESV_039698 0
ESV_041238 0
ESV_040699 0
ESV_040794 0
ESV_040960 0
ESV_040064 0
ESV_041179 0
ESV_000832 0
ESV_040378 0
ESV_040700 0
ESV_041259 0
ESV_040369 0
ESV_037500 0
ESV_040586 0
ESV_040984 0
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ESV_041520 0
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ESV_041893 0
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ESV_041024 0
ESV_040367 0
ESV_041839 0
ESV_041074 0
ESV_042134 0
ESV_041916 0
ESV_040978 0
ESV_000147 0
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ESV_042464 0
ESV_040037 0
ESV_042100 0
ESV_041000 0
ESV_041777 0
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ESV_041615 0
ESV_006097 0
ESV_040533 0
ESV_042313 0
ESV_040788 0
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ESV_040555 0
ESV_041222 0
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ESV_041040 0
ESV_042175 0
ESV_035230 0
ESV_042402 0
ESV_040959 0
ESV_041065 0
ESV_040639 0
ESV_040531 0
ESV_040942 0
ESV_042307 0
ESV_040736 0
ESV_001975 0
ESV_042443 0
ESV_040941 0
ESV_041368 0
ESV_042477 0
ESV_040868 0
ESV_041183 0
ESV_040556 0
ESV_040385 0
ESV_040842 0
ESV_007702 0
ESV_040722 0
ESV_040508 0
ESV_042291 0
ESV_042088 0
ESV_040874 0
ESV_040831 0
ESV_040693 0
ESV_041130 0
ESV_042537 0
ESV_042374 0
ESV_040544 0
ESV_041860 0
ESV_001164 0
ESV_042106 0
ESV_040857 0
ESV_023870 0
ESV_040904 0
ESV_041090 0
ESV_040787 0
ESV_002300 0
ESV_040931 0
ESV_041901 0
ESV_008557 0
ESV_042092 0
ESV_040758 0
ESV_035424 0
ESV_042115 0
ESV_034656 0
ESV_040772 0
ESV_042170 0
ESV_040399 0
ESV_040636 0
ESV_042086 0
ESV_041140 0
ESV_042305 0
ESV_041947 0
ESV_041967 0
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ESV_040497 0
ESV_037795 0
ESV_041736 0
ESV_041847 0
ESV_040605 0
ESV_041039 0
ESV_034098 0
ESV_042393 0
ESV_000839 0
ESV_041469 0
ESV_042074 0
ESV_040843 0
ESV_040992 0
ESV_041033 0
ESV_041442 0
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ESV_040595 ESV_042340 ESV_040529 ESV_040680 ESV_040982 ESV_041816 ESV_041591
10 214 15 59 10 14 864
ESV_042244 ESV_040805 ESV_006011 ESV_042449 ESV_041931 ESV_000360 ESV_040755
9 15 9 19 14 2419 19
ESV_009940 ESV_041564 ESV_040866 ESV_041257 ESV_040487 ESV_041208 ESV_040956
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ESV_040460 ESV_040561 ESV_042198 ESV_035493 ESV_040894 ESV_041994 ESV_041889
59 10 217 15 10 9 214
ESV_040897 ESV_021091 ESV_042357 ESV_040690 ESV_041748 ESV_001331
10 9 9 15 14 9 Code
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1419 9825
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41452 39130
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61 29442
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18 1890
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113619 83045
X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1 X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1
87491 172596
X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1 X20211116_N_.NMS_S13_R2_B.S046556.1
46904 8
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75021 45906
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64182 84460
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102219 80162
X20211108_S_.FRR_60_R5_B.S048979.1 X20211108_S_.SHR_62_R1_B.S048980.1
104992 124342
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124195 102345
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80459 78743
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3932 99723
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145058 74641
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125637 130222
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52413 70183
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72351 5585
X20211110_E_.FRR_90_R1_B.S049376.1 X20211110_E_.FRR_90_R2_B.S049377.1
99187 89601
X20211110_E_.FRR_90_R3_B.S049378.1 X20211110_E_.FRR_90_R4_B.S049379.1
100066 116499
X20211110_E_.FRR_90_R5_B.S049380.1 X20211110_E_.LGN_91_R1_B.S049381.1
132650 77962
X20211110_E_.LGN_91_R2_B.S049382.1 X20211110_E_.LGN_91_R3_B.S049383.1
68169 68264
X20211110_E_.LGN_91_R4_B.S049384.1 X20211110_E_.LGN_91_R5_B.S049385.1
64799 102218
X20211110_E_.SHR_92_R1_B.S049386.1 X20211110_E_.SHR_92_R2_B.S049387.1
93356 99388
X20211110_E_.SHR_92_R3_B.S049388.1 X20211110_E_.SHR_92_R4_B.S049389.1
94713 141050
X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1 X20211110_E_BLNK_B.S049391.0
113532 0
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76099 77421
X20211111_W_.FRR_70_R3_B.S049394.1 X20211111_W_.FRR_70_R4_B.S049395.1
47486 77838
X20211111_W_.FRR_70_R5_B.S049396.1 X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1
100929 103438
X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1 X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1
92408 102438
X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1 X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1
102439 83005
X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1 X20211111_W_BLNK_B.S049403.1
178271 1114
X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1 X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1
67972 68132
X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1 X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1
15111 30945
X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1 X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1
67472 106377
X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1 X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1
107282 103715
X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1 X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1
132868 201791
X20211115_E_.NMS_S44_R1_B.S049414.1 X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1
507 165506
X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1 X20211115_E_.NMS_S44_R4_B.S049417.1
66832 39161
X20211115_E_.NMS_S44_R5_B.S049418.1 X20211115_E_.NMS_S44_Blnk_B.S049419.1
48604 173
X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1 X20211116_N_.NMS_S12_R4_B.S049421.1
87946 28897
X20211116_N_.NMS_S12_R5_B.S049422.1 X20211116_N_.NMS_S13_R3_B.S049423.1
23556 103405
X20211116_N_.NMS_S13_R4_B.S049424.1 X20211116_N_.NMS_S13_R5_B.S049425.1
97619 60985
X20211116_N_.NMS_S14_R1_B.S049426.1 X20211116_N_.NMS_S14_R2_B.S049427.1
108964 18130
X20211116_N_.NMS_S14_R3_B.S049428.1 X20211116_N_.NMS_S14_R4_B.S049429.1
58298 102688
X20211116_N_.NMS_S14_R5_B.S049430.1 X20211116_N_.NMS_S11_R1_B.S049431.1
17029 48560
X20211116_N_.NMS_S11_R2_B.S049432.1 X20211116_N_.NMS_S11_R3_B.S049433.1
56261 47058
X20211116_N_.NMS_S11_R5_B.S049434.1 X20211116_N_AFZ_S10_R1_B.S049435.1
55554 97370
X20211116_N_.NMS_S11_R4_B.S049436.1 X20211116_N_AFZ_S10_R2_B.S049437.1
74956 55069
X20211116_N_AFZ_S10_R3_B.S049438.1 X20211116_N_AFZ_S10_R4_B.S049439.1
12741 185819
X20211116_N_AFZ_S10_R5_B.S049440.1 X20211116_N_AFZ_S10_Blnk_B.S049441.1
76716 176
X20211117_W_AFZ_S20_R1_B.S049442.1 X20211117_W_AFZ_S20_R2_B.S049443.1
39801 19749
X20211117_W_AFZ_S20_R3_B.S049444.1 X20211117_W_AFZ_S20_R4_B.S049445.1
82491 61491
X20211117_W_AFZ_S20_R5_B.S049446.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R1_B.S049447.1
61489 69925
X20211117_W_.DFZ_S24_R2_B.S049448.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R3_B.S049449.1
80970 37697
X20211117_W_.DFZ_S24_R4_B.S049450.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R5_B.S049451.1
88480 153418
X20211117_W_.DFZ_S21_R1_B.S049452.1 X20211117_W_.DFZ_S21_R2_B.S049453.1
26964 77028
X20211117_W_.DFZ_S21_R3_B.S049454.1 X20211117_W_.DFZ_S21_R4_B.S049455.1
37694 2647
X20211117_W_.DFZ_S21_R5_B.S049456.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R1_B.S049457.1
16258 43032
X20211117_W_.DFZ_S22_R2_B.S049458.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R3_B.S049459.1
44400 17042
X20211117_W_.DFZ_S22_R4_B.S049460.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R5_B.S049461.1
44662 25886
X20211117_W_.DFZ_S23_R1_B.S049462.1 X20211117_W_.DFZ_S23_R2_B.S049463.1
43697 135777
X20211117_W_.DFZ_S23_R3_B.S049464.1 X20211117_W_.DFZ_S23_R4_B.S049465.1
123375 46579
X20211117_W_.DFZ_S23_R5_B.S049466.1 X20211117_W_.DFZ_S23_Blnk_B.S049467.1
101731 13059
X20211118_S_.NMS_S31_R1_B.S049468.1 X20211118_S_.NMS_S31_R2_B.S049469.1
85384 31984
X20211118_S_.NMS_S31_R3_B.S049470.1 X20211118_S_.NMS_S31_R4_B.S049471.1
78398 39373
X20211118_S_.NMS_S31_R5_B.S049472.1 X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1
61295 79763
X20211118_S_.NMS_S32_R4_B.S049474.1 X20211118_S_.NMS_S32_R5_B.S049475.1
100743 182086
X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1 X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1
100457 88694
X20211118_S_.NMS_S33_R5_B.S049478.1 X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1
2160 49769
X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1 X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1
44507 42490
X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1 X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1
53398 36594
X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1 X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1
62208 35484
X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1 X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1
31353 127259
X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1 X20211118_S_.AFZ_S30_Blnk_B.S049489.1
216933 8
X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1 X20211119_E_.NMS_S43_R2_B.S049491.1
58722 8170
X20211119_E_.NMS_S43_R3_B.S049492.1 X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1
68 19850
X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1 X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1
15458 61845
X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1 X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1
41426 29199
X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1 X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1
38835 111527
X20211119_E_.NMS_S42_Blnk_B.S049500.1 StanfordCOS_Trout.S049501.1
116598 133927
StanfordCOS_BlackCod.S049502.1 StanfordCOS_BigEyeTuna.S049503.1
169841 134478
StanfordCOS_KingSalmon.S049504.1 StanfordCOS_Opah.S049505.1
173164 409
StanfordCOS_SandDab.S049506.1 StanfordCOS_YellowfinTuna.S049507.1
156092 144949
StanfordCOS_BluefinTuna.S049508.1
167486 Code
ESV <- phyloseq::otu_table(esv_read_count_m, taxa_are_rows = TRUE)
write.csv(ESV, file = "/Users/closek/Documents/Nov2021_PalaueDNA/R/products/ESV.csv")
#create a taxonomy table
esv_read_tax <- select(esv_read_data, -c(1,3))
esv_read_tax <- select(esv_read_tax, -c(9:194))
esv_read_tax <- data.frame(esv_read_tax, row.names = 1)
class(esv_read_tax)[1] "data.frame"Code
esv_read_tax_m <- as.matrix(esv_read_tax)
class(esv_read_tax_m)[1] "matrix" "array" Code
names(esv_read_tax_m)NULLCode
TAX <- phyloseq::tax_table(esv_read_tax_m)
#create a sample metadata
samp_meta <- read.csv(here("data/SampleMetaData.csv"),header = TRUE)
samp_meta_df <- data.frame(samp_meta, row.names = 1)
samp_metadata <- phyloseq::sample_data(samp_meta_df)
class(samp_metadata)[1] "sample_data"
attr(,"package")
[1] "phyloseq"Code
#create phyloseq object
physeq <- phyloseq(ESV, TAX)
physeqphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2666 taxa and 177 samples ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2666 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
physeq1 <- merge_phyloseq(physeq, samp_metadata)
physeq1phyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2666 taxa and 177 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 177 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2666 taxa by 7 taxonomic ranks ]Components of phyloseq object
Code
sample_names(physeq1) [1] "X20211109_N_.SHR_82_R1_B.S046414.2"
[2] "X20211109_N_.LGN_81_R1_B.S046415.2"
[3] "X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2"
[4] "X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2"
[5] "X20211116_N_.NMS_S13_R1_B.S046418.2"
[6] "X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2"
[7] "X20211118_S_.NMS_S33_R1_B.S046420.2"
[8] "X20211118_S_.NMS_S32_R1_B.S046421.1"
[9] "X20211109_N_.LGN_81_R2_B.S046551.1"
[10] "X20211109_N_.SHR_82_R2_B.S046552.1"
[11] "X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1"
[12] "X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1"
[13] "X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1"
[14] "X20211116_N_.NMS_S13_R2_B.S046556.1"
[15] "X20211118_S_.NMS_S32_R2_B.S046557.1"
[16] "X20211118_S_.NMS_S33_R2_B.S046558.1"
[17] "X20211108_S_.FRR_60_R1_B.S048975.1"
[18] "X20211108_S_.FRR_60_R2_B.S048976.1"
[19] "X20211108_S_.FRR_60_R3_B.S048977.1"
[20] "X20211108_S_.FRR_60_R4_B.S048978.1"
[21] "X20211108_S_.FRR_60_R5_B.S048979.1"
[22] "X20211108_S_.SHR_62_R1_B.S048980.1"
[23] "X20211108_S_.SHR_62_R2_B.S048981.1"
[24] "X20211108_S_.SHR_62_R3_B.S048982.1"
[25] "X20211108_S_.SHR_62_R4_B.S048983.1"
[26] "X20211108_S_.SHR_62_R5_B.S048984.1"
[27] "X20211108_S_BLNK_E.S048985.1"
[28] "X20211108_S_.LGN_61_R1_B.S049359.1"
[29] "X20211108_S_.LGN_61_R2_B.S049360.1"
[30] "X20211108_S_.LGN_61_R3_B.S049361.1"
[31] "X20211108_S_.LGN_61_R4_B.S049362.1"
[32] "X20211108_S_.LGN_61_R5_B.S049363.1"
[33] "X20211109_N_.LGN_81_R3_B.S049364.1"
[34] "X20211109_N_.LGN_81_R4_B.S049365.1"
[35] "X20211109_N_.LGN_81_R5_B.S049366.1"
[36] "X20211109_N_.SHR_82_R3_B.S049367.1"
[37] "X20211109_N_.SHR_82_R4_B.S049368.1"
[38] "X20211109_N_.SHR_82_R5_B.S049369.1"
[39] "X20211109_N_.FRR_80_R1_B.S049370.1"
[40] "X20211109_N_.FRR_80_R2_B.S049371.1"
[41] "X20211109_N_.FRR_80_R3_B.S049372.1"
[42] "X20211109_N_.FRR_80_R4_B.S049373.1"
[43] "X20211109_N_.FRR_80_R5_B.S049374.1"
[44] "X20211109_N_BLNK_B.S049375.1"
[45] "X20211110_E_.FRR_90_R1_B.S049376.1"
[46] "X20211110_E_.FRR_90_R2_B.S049377.1"
[47] "X20211110_E_.FRR_90_R3_B.S049378.1"
[48] "X20211110_E_.FRR_90_R4_B.S049379.1"
[49] "X20211110_E_.FRR_90_R5_B.S049380.1"
[50] "X20211110_E_.LGN_91_R1_B.S049381.1"
[51] "X20211110_E_.LGN_91_R2_B.S049382.1"
[52] "X20211110_E_.LGN_91_R3_B.S049383.1"
[53] "X20211110_E_.LGN_91_R4_B.S049384.1"
[54] "X20211110_E_.LGN_91_R5_B.S049385.1"
[55] "X20211110_E_.SHR_92_R1_B.S049386.1"
[56] "X20211110_E_.SHR_92_R2_B.S049387.1"
[57] "X20211110_E_.SHR_92_R3_B.S049388.1"
[58] "X20211110_E_.SHR_92_R4_B.S049389.1"
[59] "X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1"
[60] "X20211110_E_BLNK_B.S049391.0"
[61] "X20211111_W_.FRR_70_R1_B.S049392.1"
[62] "X20211111_W_.FRR_70_R2_B.S049393.1"
[63] "X20211111_W_.FRR_70_R3_B.S049394.1"
[64] "X20211111_W_.FRR_70_R4_B.S049395.1"
[65] "X20211111_W_.FRR_70_R5_B.S049396.1"
[66] "X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1"
[67] "X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1"
[68] "X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1"
[69] "X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1"
[70] "X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1"
[71] "X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1"
[72] "X20211111_W_BLNK_B.S049403.1"
[73] "X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1"
[74] "X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1"
[75] "X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1"
[76] "X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1"
[77] "X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1"
[78] "X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1"
[79] "X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1"
[80] "X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1"
[81] "X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1"
[82] "X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1"
[83] "X20211115_E_.NMS_S44_R1_B.S049414.1"
[84] "X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1"
[85] "X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1"
[86] "X20211115_E_.NMS_S44_R4_B.S049417.1"
[87] "X20211115_E_.NMS_S44_R5_B.S049418.1"
[88] "X20211115_E_.NMS_S44_Blnk_B.S049419.1"
[89] "X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1"
[90] "X20211116_N_.NMS_S12_R4_B.S049421.1"
[91] "X20211116_N_.NMS_S12_R5_B.S049422.1"
[92] "X20211116_N_.NMS_S13_R3_B.S049423.1"
[93] "X20211116_N_.NMS_S13_R4_B.S049424.1"
[94] "X20211116_N_.NMS_S13_R5_B.S049425.1"
[95] "X20211116_N_.NMS_S14_R1_B.S049426.1"
[96] "X20211116_N_.NMS_S14_R2_B.S049427.1"
[97] "X20211116_N_.NMS_S14_R3_B.S049428.1"
[98] "X20211116_N_.NMS_S14_R4_B.S049429.1"
[99] "X20211116_N_.NMS_S14_R5_B.S049430.1"
[100] "X20211116_N_.NMS_S11_R1_B.S049431.1"
[101] "X20211116_N_.NMS_S11_R2_B.S049432.1"
[102] "X20211116_N_.NMS_S11_R3_B.S049433.1"
[103] "X20211116_N_.NMS_S11_R5_B.S049434.1"
[104] "X20211116_N_AFZ_S10_R1_B.S049435.1"
[105] "X20211116_N_.NMS_S11_R4_B.S049436.1"
[106] "X20211116_N_AFZ_S10_R2_B.S049437.1"
[107] "X20211116_N_AFZ_S10_R3_B.S049438.1"
[108] "X20211116_N_AFZ_S10_R4_B.S049439.1"
[109] "X20211116_N_AFZ_S10_R5_B.S049440.1"
[110] "X20211116_N_AFZ_S10_Blnk_B.S049441.1"
[111] "X20211117_W_AFZ_S20_R1_B.S049442.1"
[112] "X20211117_W_AFZ_S20_R2_B.S049443.1"
[113] "X20211117_W_AFZ_S20_R3_B.S049444.1"
[114] "X20211117_W_AFZ_S20_R4_B.S049445.1"
[115] "X20211117_W_AFZ_S20_R5_B.S049446.1"
[116] "X20211117_W_.DFZ_S24_R1_B.S049447.1"
[117] "X20211117_W_.DFZ_S24_R2_B.S049448.1"
[118] "X20211117_W_.DFZ_S24_R3_B.S049449.1"
[119] "X20211117_W_.DFZ_S24_R4_B.S049450.1"
[120] "X20211117_W_.DFZ_S24_R5_B.S049451.1"
[121] "X20211117_W_.DFZ_S21_R1_B.S049452.1"
[122] "X20211117_W_.DFZ_S21_R2_B.S049453.1"
[123] "X20211117_W_.DFZ_S21_R3_B.S049454.1"
[124] "X20211117_W_.DFZ_S21_R4_B.S049455.1"
[125] "X20211117_W_.DFZ_S21_R5_B.S049456.1"
[126] "X20211117_W_.DFZ_S22_R1_B.S049457.1"
[127] "X20211117_W_.DFZ_S22_R2_B.S049458.1"
[128] "X20211117_W_.DFZ_S22_R3_B.S049459.1"
[129] "X20211117_W_.DFZ_S22_R4_B.S049460.1"
[130] "X20211117_W_.DFZ_S22_R5_B.S049461.1"
[131] "X20211117_W_.DFZ_S23_R1_B.S049462.1"
[132] "X20211117_W_.DFZ_S23_R2_B.S049463.1"
[133] "X20211117_W_.DFZ_S23_R3_B.S049464.1"
[134] "X20211117_W_.DFZ_S23_R4_B.S049465.1"
[135] "X20211117_W_.DFZ_S23_R5_B.S049466.1"
[136] "X20211117_W_.DFZ_S23_Blnk_B.S049467.1"
[137] "X20211118_S_.NMS_S31_R1_B.S049468.1"
[138] "X20211118_S_.NMS_S31_R2_B.S049469.1"
[139] "X20211118_S_.NMS_S31_R3_B.S049470.1"
[140] "X20211118_S_.NMS_S31_R4_B.S049471.1"
[141] "X20211118_S_.NMS_S31_R5_B.S049472.1"
[142] "X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1"
[143] "X20211118_S_.NMS_S32_R4_B.S049474.1"
[144] "X20211118_S_.NMS_S32_R5_B.S049475.1"
[145] "X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1"
[146] "X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1"
[147] "X20211118_S_.NMS_S33_R5_B.S049478.1"
[148] "X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1"
[149] "X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1"
[150] "X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1"
[151] "X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1"
[152] "X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1"
[153] "X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1"
[154] "X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1"
[155] "X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1"
[156] "X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1"
[157] "X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1"
[158] "X20211118_S_.AFZ_S30_Blnk_B.S049489.1"
[159] "X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1"
[160] "X20211119_E_.NMS_S43_R2_B.S049491.1"
[161] "X20211119_E_.NMS_S43_R3_B.S049492.1"
[162] "X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1"
[163] "X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1"
[164] "X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1"
[165] "X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1"
[166] "X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1"
[167] "X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1"
[168] "X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1"
[169] "X20211119_E_.NMS_S42_Blnk_B.S049500.1"
[170] "StanfordCOS_Trout.S049501.1"
[171] "StanfordCOS_BlackCod.S049502.1"
[172] "StanfordCOS_BigEyeTuna.S049503.1"
[173] "StanfordCOS_KingSalmon.S049504.1"
[174] "StanfordCOS_Opah.S049505.1"
[175] "StanfordCOS_SandDab.S049506.1"
[176] "StanfordCOS_YellowfinTuna.S049507.1"
[177] "StanfordCOS_BluefinTuna.S049508.1" Code
rank_names(physeq1)[1] "Kingdom" "Phylum" "Class" "Order" "Family" "Genus" "Species"Code
sample_variables(physeq1)[1] "Control_or_Envtl" "Near_or_Offshore" "Date"
[4] "Cardinal_direction" "Zone" "Station"
[7] "Replicate" "Duplicate" Subset samples to keep only Environmental samples
Code
physeq1 <- subset_samples(physeq1, Control_or_Envtl =="Envtl")
physeq1phyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2666 taxa and 160 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 160 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2666 taxa by 7 taxonomic ranks ]Families Barplot with only Environmental samples (excluding Controls)
Code
plot_bar(physeq1, fill = "Family")
Subset to keep only ESVs with marine fish and mammal annotations
Code
#Select for only Classes: Actinopteri and Mammalia, which will remove Classes: Aves and Amphibia, as well as the unannotated ESVs
#Within Mammalia remove non-marine mammals in Family: Bovidae, Suidae, Canidae, Felindae, Hominidae and Order: Primates
physeq1phyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2666 taxa and 160 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 160 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2666 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
physeq1_mar <- subset_taxa(physeq1, Class %in% c("Actinopteri", "Mammalia"))
physeq1_marphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2481 taxa and 160 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 160 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2481 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
physeq1_mar <- subset_taxa(physeq1, !(Order %in% c("Primates")))
physeq1_marphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2597 taxa and 160 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 160 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2597 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
physeq1_mar <- subset_taxa(physeq1, !(Family %in% c("Bovidae", "Canidae", "Felindae", "Hominidae", "Suidae")))
physeq1_marphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2525 taxa and 160 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 160 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2525 taxa by 7 taxonomic ranks ]Sequence sum per Environmental sample
Code
sample_sums(physeq1_mar) X20211109_N_.SHR_82_R1_B.S046414.2 X20211109_N_.LGN_81_R1_B.S046415.2
1419 9825
X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2 X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2
41305 39130
X20211116_N_.NMS_S13_R1_B.S046418.2 X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2
61 29442
X20211118_S_.NMS_S33_R1_B.S046420.2 X20211118_S_.NMS_S32_R1_B.S046421.1
18 1890
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FALSE FALSE
X20211110_E_.SHR_92_R3_B.S049388.1 X20211110_E_.SHR_92_R4_B.S049389.1
FALSE FALSE
X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1 X20211111_W_.FRR_70_R1_B.S049392.1
FALSE FALSE
X20211111_W_.FRR_70_R2_B.S049393.1 X20211111_W_.FRR_70_R3_B.S049394.1
FALSE FALSE
X20211111_W_.FRR_70_R4_B.S049395.1 X20211111_W_.FRR_70_R5_B.S049396.1
FALSE FALSE
X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1 X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1
FALSE FALSE
X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1 X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1
FALSE FALSE
X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1 X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1 X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1 X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1 X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1 X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1 X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.NMS_S44_R1_B.S049414.1 X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1
TRUE FALSE
X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1 X20211115_E_.NMS_S44_R4_B.S049417.1
FALSE FALSE
X20211115_E_.NMS_S44_R5_B.S049418.1 X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1
FALSE FALSE
X20211116_N_.NMS_S12_R4_B.S049421.1 X20211116_N_.NMS_S12_R5_B.S049422.1
TRUE FALSE
X20211116_N_.NMS_S13_R3_B.S049423.1 X20211116_N_.NMS_S13_R4_B.S049424.1
FALSE FALSE
X20211116_N_.NMS_S13_R5_B.S049425.1 X20211116_N_.NMS_S14_R1_B.S049426.1
FALSE FALSE
X20211116_N_.NMS_S14_R2_B.S049427.1 X20211116_N_.NMS_S14_R3_B.S049428.1
FALSE FALSE
X20211116_N_.NMS_S14_R4_B.S049429.1 X20211116_N_.NMS_S14_R5_B.S049430.1
FALSE FALSE
X20211116_N_.NMS_S11_R1_B.S049431.1 X20211116_N_.NMS_S11_R2_B.S049432.1
TRUE FALSE
X20211116_N_.NMS_S11_R3_B.S049433.1 X20211116_N_.NMS_S11_R5_B.S049434.1
FALSE FALSE
X20211116_N_AFZ_S10_R1_B.S049435.1 X20211116_N_.NMS_S11_R4_B.S049436.1
FALSE FALSE
X20211116_N_AFZ_S10_R2_B.S049437.1 X20211116_N_AFZ_S10_R3_B.S049438.1
FALSE FALSE
X20211116_N_AFZ_S10_R4_B.S049439.1 X20211116_N_AFZ_S10_R5_B.S049440.1
FALSE FALSE
X20211117_W_AFZ_S20_R1_B.S049442.1 X20211117_W_AFZ_S20_R2_B.S049443.1
FALSE FALSE
X20211117_W_AFZ_S20_R3_B.S049444.1 X20211117_W_AFZ_S20_R4_B.S049445.1
FALSE FALSE
X20211117_W_AFZ_S20_R5_B.S049446.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R1_B.S049447.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S24_R2_B.S049448.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R3_B.S049449.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S24_R4_B.S049450.1 X20211117_W_.DFZ_S24_R5_B.S049451.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S21_R1_B.S049452.1 X20211117_W_.DFZ_S21_R2_B.S049453.1
TRUE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S21_R3_B.S049454.1 X20211117_W_.DFZ_S21_R4_B.S049455.1
FALSE TRUE
X20211117_W_.DFZ_S21_R5_B.S049456.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R1_B.S049457.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S22_R2_B.S049458.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R3_B.S049459.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S22_R4_B.S049460.1 X20211117_W_.DFZ_S22_R5_B.S049461.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S23_R1_B.S049462.1 X20211117_W_.DFZ_S23_R2_B.S049463.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S23_R3_B.S049464.1 X20211117_W_.DFZ_S23_R4_B.S049465.1
FALSE FALSE
X20211117_W_.DFZ_S23_R5_B.S049466.1 X20211118_S_.NMS_S31_R1_B.S049468.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S31_R2_B.S049469.1 X20211118_S_.NMS_S31_R3_B.S049470.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S31_R4_B.S049471.1 X20211118_S_.NMS_S31_R5_B.S049472.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1 X20211118_S_.NMS_S32_R4_B.S049474.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S32_R5_B.S049475.1 X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1 X20211118_S_.NMS_S33_R5_B.S049478.1
FALSE TRUE
X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1 X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1 X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1 X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1 X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1
FALSE FALSE
X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1 X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1
FALSE FALSE
X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1 X20211119_E_.NMS_S43_R2_B.S049491.1
FALSE TRUE
X20211119_E_.NMS_S43_R3_B.S049492.1 X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1
TRUE FALSE
X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1 X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1
FALSE FALSE
X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1 X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1
FALSE FALSE
X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1 X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1
FALSE FALSE Code
physeq1_mar_lt10k <- prune_samples(sample_sums(physeq1_mar)<10000, physeq1_mar)
physeq1_mar_lt10kphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2525 taxa and 14 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 14 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2525 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
sample_sums(physeq1_mar_lt10k) X20211109_N_.SHR_82_R1_B.S046414.2 X20211109_N_.LGN_81_R1_B.S046415.2
1419 9825
X20211116_N_.NMS_S13_R1_B.S046418.2 X20211118_S_.NMS_S33_R1_B.S046420.2
61 18
X20211118_S_.NMS_S32_R1_B.S046421.1 X20211116_N_.NMS_S13_R2_B.S046556.1
1890 8
X20211115_E_.NMS_S44_R1_B.S049414.1 X20211116_N_.NMS_S12_R4_B.S049421.1
206 5147
X20211116_N_.NMS_S11_R1_B.S049431.1 X20211117_W_.DFZ_S21_R1_B.S049452.1
4158 1881
X20211117_W_.DFZ_S21_R4_B.S049455.1 X20211118_S_.NMS_S33_R5_B.S049478.1
2536 422
X20211119_E_.NMS_S43_R2_B.S049491.1 X20211119_E_.NMS_S43_R3_B.S049492.1
10 0 Code
sample_names(physeq1_mar_lt10k) [1] "X20211109_N_.SHR_82_R1_B.S046414.2" "X20211109_N_.LGN_81_R1_B.S046415.2"
[3] "X20211116_N_.NMS_S13_R1_B.S046418.2" "X20211118_S_.NMS_S33_R1_B.S046420.2"
[5] "X20211118_S_.NMS_S32_R1_B.S046421.1" "X20211116_N_.NMS_S13_R2_B.S046556.1"
[7] "X20211115_E_.NMS_S44_R1_B.S049414.1" "X20211116_N_.NMS_S12_R4_B.S049421.1"
[9] "X20211116_N_.NMS_S11_R1_B.S049431.1" "X20211117_W_.DFZ_S21_R1_B.S049452.1"
[11] "X20211117_W_.DFZ_S21_R4_B.S049455.1" "X20211118_S_.NMS_S33_R5_B.S049478.1"
[13] "X20211119_E_.NMS_S43_R2_B.S049491.1" "X20211119_E_.NMS_S43_R3_B.S049492.1"Code
physeq1_mar_pruned <- prune_samples(sample_sums(physeq1_mar)>=10000, physeq1_mar)
sample_sums(physeq1_mar_pruned) X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2 X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2
41305 39130
X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2 X20211109_N_.LGN_81_R2_B.S046551.1
29442 113115
X20211109_N_.SHR_82_R2_B.S046552.1 X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1
83045 82996
X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1 X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1
168734 46904
X20211118_S_.NMS_S32_R2_B.S046557.1 X20211118_S_.NMS_S33_R2_B.S046558.1
74833 45846
X20211108_S_.FRR_60_R1_B.S048975.1 X20211108_S_.FRR_60_R2_B.S048976.1
61829 84081
X20211108_S_.FRR_60_R3_B.S048977.1 X20211108_S_.FRR_60_R4_B.S048978.1
99448 80150
X20211108_S_.FRR_60_R5_B.S048979.1 X20211108_S_.SHR_62_R1_B.S048980.1
104262 124342
X20211108_S_.SHR_62_R2_B.S048981.1 X20211108_S_.SHR_62_R3_B.S048982.1
124180 102321
X20211108_S_.SHR_62_R4_B.S048983.1 X20211108_S_.SHR_62_R5_B.S048984.1
80459 78652
X20211108_S_.LGN_61_R1_B.S049359.1 X20211108_S_.LGN_61_R2_B.S049360.1
99525 145038
X20211108_S_.LGN_61_R3_B.S049361.1 X20211108_S_.LGN_61_R4_B.S049362.1
74614 125637
X20211108_S_.LGN_61_R5_B.S049363.1 X20211109_N_.LGN_81_R3_B.S049364.1
129848 103744
X20211109_N_.LGN_81_R4_B.S049365.1 X20211109_N_.LGN_81_R5_B.S049366.1
115310 104741
X20211109_N_.SHR_82_R3_B.S049367.1 X20211109_N_.SHR_82_R4_B.S049368.1
154769 52381
X20211109_N_.SHR_82_R5_B.S049369.1 X20211109_N_.FRR_80_R1_B.S049370.1
69830 73440
X20211109_N_.FRR_80_R2_B.S049371.1 X20211109_N_.FRR_80_R3_B.S049372.1
70511 96039
X20211109_N_.FRR_80_R4_B.S049373.1 X20211109_N_.FRR_80_R5_B.S049374.1
75986 72351
X20211110_E_.FRR_90_R1_B.S049376.1 X20211110_E_.FRR_90_R2_B.S049377.1
99187 84028
X20211110_E_.FRR_90_R3_B.S049378.1 X20211110_E_.FRR_90_R4_B.S049379.1
100066 116293
X20211110_E_.FRR_90_R5_B.S049380.1 X20211110_E_.LGN_91_R1_B.S049381.1
132273 77952
X20211110_E_.LGN_91_R2_B.S049382.1 X20211110_E_.LGN_91_R3_B.S049383.1
68091 68264
X20211110_E_.LGN_91_R4_B.S049384.1 X20211110_E_.LGN_91_R5_B.S049385.1
64799 102218
X20211110_E_.SHR_92_R1_B.S049386.1 X20211110_E_.SHR_92_R2_B.S049387.1
92332 99388
X20211110_E_.SHR_92_R3_B.S049388.1 X20211110_E_.SHR_92_R4_B.S049389.1
94713 141050
X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1 X20211111_W_.FRR_70_R1_B.S049392.1
113435 75508
X20211111_W_.FRR_70_R2_B.S049393.1 X20211111_W_.FRR_70_R3_B.S049394.1
77375 46967
X20211111_W_.FRR_70_R4_B.S049395.1 X20211111_W_.FRR_70_R5_B.S049396.1
77773 23523
X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1 X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1
103438 92408
X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1 X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1
102420 102264
X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1 X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1
82542 178271
X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1 X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1
66988 68045
X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1 X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1
14248 30447
X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1 X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1
62034 99051
X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1 X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1
103936 78034
X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1 X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1
132135 201791
X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1 X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1
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[127] "X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1"
[128] "X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1"
[129] "X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1"
[130] "X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1"
[131] "X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1"
[132] "X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1"
[133] "X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1"
[134] "X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1"
[135] "X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1"
[136] "X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1"
[137] "X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1"
[138] "X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1"
[139] "X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1"
[140] "X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1"
[141] "X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1"
[142] "X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1"
[143] "X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1"
[144] "X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1"
[145] "X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1"
[146] "X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1"Code
physeq1_mar_prunedphyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2525 taxa and 146 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 146 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2525 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
#removed 14 samples (previously 160 samples, now 146)Standardize number of reads to the median sequencing depth
Code
total = median(sample_sums(physeq1_mar_pruned))
#total == 74889
standf = function(x, t=total) round(t *(x / sum(x)))
physeq2 = transform_sample_counts(physeq1_mar_pruned, standf)
physeq2phyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2525 taxa and 146 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 146 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2525 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
#rcurve(physeq2, add_sample_data = TRUE)
#p <- ggrare(physeq2, step = 500, color = "Zone", label = "Sample", se = FALSE)
sample_data(physeq2) Control_or_Envtl Near_or_Offshore Date
X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2 Envtl Nearshore 20211111
X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2 Envtl Offshore 20211116
X20211109_N_.LGN_81_R2_B.S046551.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.SHR_82_R2_B.S046552.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1 Envtl Offshore 20211116
X20211118_S_.NMS_S32_R2_B.S046557.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S33_R2_B.S046558.1 Envtl Offshore 20211118
X20211108_S_.FRR_60_R1_B.S048975.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.FRR_60_R2_B.S048976.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.FRR_60_R3_B.S048977.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.FRR_60_R4_B.S048978.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.FRR_60_R5_B.S048979.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.SHR_62_R1_B.S048980.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.SHR_62_R2_B.S048981.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.SHR_62_R3_B.S048982.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.SHR_62_R4_B.S048983.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.SHR_62_R5_B.S048984.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.LGN_61_R1_B.S049359.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.LGN_61_R2_B.S049360.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.LGN_61_R3_B.S049361.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.LGN_61_R4_B.S049362.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211108_S_.LGN_61_R5_B.S049363.1 Envtl Nearshore 20211108
X20211109_N_.LGN_81_R3_B.S049364.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.LGN_81_R4_B.S049365.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.LGN_81_R5_B.S049366.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.SHR_82_R3_B.S049367.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.SHR_82_R4_B.S049368.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.SHR_82_R5_B.S049369.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.FRR_80_R1_B.S049370.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.FRR_80_R2_B.S049371.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.FRR_80_R3_B.S049372.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.FRR_80_R4_B.S049373.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211109_N_.FRR_80_R5_B.S049374.1 Envtl Nearshore 20211109
X20211110_E_.FRR_90_R1_B.S049376.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.FRR_90_R2_B.S049377.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.FRR_90_R3_B.S049378.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.FRR_90_R4_B.S049379.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.FRR_90_R5_B.S049380.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.LGN_91_R1_B.S049381.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.LGN_91_R2_B.S049382.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.LGN_91_R3_B.S049383.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.LGN_91_R4_B.S049384.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.LGN_91_R5_B.S049385.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.SHR_92_R1_B.S049386.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.SHR_92_R2_B.S049387.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.SHR_92_R3_B.S049388.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.SHR_92_R4_B.S049389.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1 Envtl Nearshore 20211110
X20211111_W_.FRR_70_R1_B.S049392.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.FRR_70_R2_B.S049393.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.FRR_70_R3_B.S049394.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.FRR_70_R4_B.S049395.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.FRR_70_R5_B.S049396.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1 Envtl Nearshore 20211111
X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S44_R4_B.S049417.1 Envtl Offshore 20211115
X20211115_E_.NMS_S44_R5_B.S049418.1 Envtl Offshore 20211115
X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S12_R5_B.S049422.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S13_R3_B.S049423.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S13_R4_B.S049424.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S13_R5_B.S049425.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S14_R1_B.S049426.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S14_R2_B.S049427.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S14_R3_B.S049428.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S14_R4_B.S049429.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S14_R5_B.S049430.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S11_R2_B.S049432.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S11_R3_B.S049433.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S11_R5_B.S049434.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_AFZ_S10_R1_B.S049435.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_.NMS_S11_R4_B.S049436.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_AFZ_S10_R2_B.S049437.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_AFZ_S10_R3_B.S049438.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_AFZ_S10_R4_B.S049439.1 Envtl Offshore 20211116
X20211116_N_AFZ_S10_R5_B.S049440.1 Envtl Offshore 20211116
X20211117_W_AFZ_S20_R1_B.S049442.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_AFZ_S20_R2_B.S049443.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_AFZ_S20_R3_B.S049444.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_AFZ_S20_R4_B.S049445.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_AFZ_S20_R5_B.S049446.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S24_R1_B.S049447.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S24_R2_B.S049448.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S24_R3_B.S049449.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S24_R4_B.S049450.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S24_R5_B.S049451.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S21_R2_B.S049453.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S21_R3_B.S049454.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S21_R5_B.S049456.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S22_R1_B.S049457.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S22_R2_B.S049458.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S22_R3_B.S049459.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S22_R4_B.S049460.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S22_R5_B.S049461.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S23_R1_B.S049462.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S23_R2_B.S049463.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S23_R3_B.S049464.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S23_R4_B.S049465.1 Envtl Offshore 20211117
X20211117_W_.DFZ_S23_R5_B.S049466.1 Envtl Offshore 20211117
X20211118_S_.NMS_S31_R1_B.S049468.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S31_R2_B.S049469.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S31_R3_B.S049470.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S31_R4_B.S049471.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S31_R5_B.S049472.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S32_R4_B.S049474.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S32_R5_B.S049475.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1 Envtl Offshore 20211118
X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1 Envtl Offshore 20211118
X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1 Envtl Offshore 20211119
X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1 Envtl Offshore 20211119
Cardinal_direction Zone Station Replicate
X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2 W SHR 72 1
X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2 W LGN 71 1
X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2 N NMS 12 1
X20211109_N_.LGN_81_R2_B.S046551.1 N LGN 81 2
X20211109_N_.SHR_82_R2_B.S046552.1 N SHR 82 2
X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1 W LGN 71 2
X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1 W SHR 72 2
X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1 N NMS 12 2
X20211118_S_.NMS_S32_R2_B.S046557.1 S NMS 32 2
X20211118_S_.NMS_S33_R2_B.S046558.1 S NMS 33 2
X20211108_S_.FRR_60_R1_B.S048975.1 S FRR 60 1
X20211108_S_.FRR_60_R2_B.S048976.1 S FRR 60 2
X20211108_S_.FRR_60_R3_B.S048977.1 S FRR 60 3
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X20211108_S_.FRR_60_R5_B.S048979.1 S FRR 60 5
X20211108_S_.SHR_62_R1_B.S048980.1 S SHR 62 1
X20211108_S_.SHR_62_R2_B.S048981.1 S SHR 62 2
X20211108_S_.SHR_62_R3_B.S048982.1 S SHR 62 3
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X20211110_E_.SHR_92_R5_B.S049390.1 E SHR 92 5
X20211111_W_.FRR_70_R1_B.S049392.1 W FRR 70 1
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X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1 W LGN 71 3
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X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1 N NMS 12 3
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X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1 S NMS 32 3
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X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1 S NMS 34 1
X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1 S NMS 34 2
X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1 S NMS 34 3
X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1 S NMS 34 4
X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1 S NMS 34 5
X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1 S AFZ 30 1
X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1 S AFZ 30 2
X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1 S AFZ 30 3
X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1 S AFZ 30 4
X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1 S AFZ 30 5
X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1 E NMS 43 1
X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1 E NMS 43 4
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X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1 E NMS 42 1
X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1 E NMS 42 2
X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1 E NMS 42 3
X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1 E NMS 42 4
X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1 E NMS 42 5
Duplicate
X20211111_W_.SHR_72_R1_B.S046416.2 B
X20211111_W_.LGN_71_R1_B.S046417.2 B
X20211116_N_.NMS_S12_R1_B.S046419.2 B
X20211109_N_.LGN_81_R2_B.S046551.1 B
X20211109_N_.SHR_82_R2_B.S046552.1 B
X20211111_W_.LGN_71_R2_B.S046553.1 B
X20211111_W_.SHR_72_R2_B.S046554.1 B
X20211116_N_.NMS_S12_R2_B.S046555.1 B
X20211118_S_.NMS_S32_R2_B.S046557.1 B
X20211118_S_.NMS_S33_R2_B.S046558.1 B
X20211108_S_.FRR_60_R1_B.S048975.1 B
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X20211111_W_.LGN_71_R3_B.S049397.1 B
X20211111_W_.LGN_71_R4_B.S049398.1 B
X20211111_W_.LGN_71_R5_B.S049399.1 B
X20211111_W_.SHR_72_R3_B.S049400.1 B
X20211111_W_.SHR_72_R4_B.S049401.1 B
X20211111_W_.SHR_72_R5_B.S049402.1 B
X20211115_E_.AFZ_40_R1_B.S049404.1 B
X20211115_E_.AFZ_40_R2_B.S049405.1 B
X20211115_E_.AFZ_40_R3_B.S049406.1 B
X20211115_E_.AFZ_40_R4_B.S049407.1 B
X20211115_E_.AFZ_40_R5_B.S049408.1 B
X20211115_E_.NMS_S41_R1_B.S049409.1 B
X20211115_E_.NMS_S41_R2_B.S049410.1 B
X20211115_E_.NMS_S41_R3_B.S049411.1 B
X20211115_E_.NMS_S41_R4_B.S049412.1 B
X20211115_E_.NMS_S41_R5_B.S049413.1 B
X20211115_E_.NMS_S44_R2_B.S049415.1 B
X20211115_E_.NMS_S44_R3_B.S049416.1 B
X20211115_E_.NMS_S44_R4_B.S049417.1 B
X20211115_E_.NMS_S44_R5_B.S049418.1 B
X20211116_N_.NMS_S12_R3_B.S049420.1 B
X20211116_N_.NMS_S12_R5_B.S049422.1 B
X20211116_N_.NMS_S13_R3_B.S049423.1 B
X20211116_N_.NMS_S13_R4_B.S049424.1 B
X20211116_N_.NMS_S13_R5_B.S049425.1 B
X20211116_N_.NMS_S14_R1_B.S049426.1 B
X20211116_N_.NMS_S14_R2_B.S049427.1 B
X20211116_N_.NMS_S14_R3_B.S049428.1 B
X20211116_N_.NMS_S14_R4_B.S049429.1 B
X20211116_N_.NMS_S14_R5_B.S049430.1 B
X20211116_N_.NMS_S11_R2_B.S049432.1 B
X20211116_N_.NMS_S11_R3_B.S049433.1 B
X20211116_N_.NMS_S11_R5_B.S049434.1 B
X20211116_N_AFZ_S10_R1_B.S049435.1 B
X20211116_N_.NMS_S11_R4_B.S049436.1 B
X20211116_N_AFZ_S10_R2_B.S049437.1 B
X20211116_N_AFZ_S10_R3_B.S049438.1 B
X20211116_N_AFZ_S10_R4_B.S049439.1 B
X20211116_N_AFZ_S10_R5_B.S049440.1 B
X20211117_W_AFZ_S20_R1_B.S049442.1 B
X20211117_W_AFZ_S20_R2_B.S049443.1 B
X20211117_W_AFZ_S20_R3_B.S049444.1 B
X20211117_W_AFZ_S20_R4_B.S049445.1 B
X20211117_W_AFZ_S20_R5_B.S049446.1 B
X20211117_W_.DFZ_S24_R1_B.S049447.1 B
X20211117_W_.DFZ_S24_R2_B.S049448.1 B
X20211117_W_.DFZ_S24_R3_B.S049449.1 B
X20211117_W_.DFZ_S24_R4_B.S049450.1 B
X20211117_W_.DFZ_S24_R5_B.S049451.1 B
X20211117_W_.DFZ_S21_R2_B.S049453.1 B
X20211117_W_.DFZ_S21_R3_B.S049454.1 B
X20211117_W_.DFZ_S21_R5_B.S049456.1 B
X20211117_W_.DFZ_S22_R1_B.S049457.1 B
X20211117_W_.DFZ_S22_R2_B.S049458.1 B
X20211117_W_.DFZ_S22_R3_B.S049459.1 B
X20211117_W_.DFZ_S22_R4_B.S049460.1 B
X20211117_W_.DFZ_S22_R5_B.S049461.1 B
X20211117_W_.DFZ_S23_R1_B.S049462.1 B
X20211117_W_.DFZ_S23_R2_B.S049463.1 B
X20211117_W_.DFZ_S23_R3_B.S049464.1 B
X20211117_W_.DFZ_S23_R4_B.S049465.1 B
X20211117_W_.DFZ_S23_R5_B.S049466.1 B
X20211118_S_.NMS_S31_R1_B.S049468.1 B
X20211118_S_.NMS_S31_R2_B.S049469.1 B
X20211118_S_.NMS_S31_R3_B.S049470.1 B
X20211118_S_.NMS_S31_R4_B.S049471.1 B
X20211118_S_.NMS_S31_R5_B.S049472.1 B
X20211118_S_.NMS_S32_R3_B.S049473.1 B
X20211118_S_.NMS_S32_R4_B.S049474.1 B
X20211118_S_.NMS_S32_R5_B.S049475.1 B
X20211118_S_.NMS_S33_R3_B.S049476.1 B
X20211118_S_.NMS_S33_R4_B.S049477.1 B
X20211118_S_.NMS_S34_R1_B.S049479.1 B
X20211118_S_.NMS_S34_R2_B.S049480.1 B
X20211118_S_.NMS_S34_R3_B.S049481.1 B
X20211118_S_.NMS_S34_R4_B.S049482.1 B
X20211118_S_.NMS_S34_R5_B.S049483.1 B
X20211118_S_.AFZ_S30_R1_B.S049484.1 B
X20211118_S_.AFZ_S30_R2_B.S049485.1 B
X20211118_S_.AFZ_S30_R3_B.S049486.1 B
X20211118_S_.AFZ_S30_R4_B.S049487.1 B
X20211118_S_.AFZ_S30_R5_B.S049488.1 B
X20211119_E_.NMS_S43_R1_A.S049490.1 A
X20211119_E_.NMS_S43_R4_B.S049493.1 B
X20211119_E_.NMS_S43_R5_B.S049494.1 B
X20211119_E_.NMS_S42_R1_B.S049495.1 B
X20211119_E_.NMS_S42_R2_B.S049496.1 B
X20211119_E_.NMS_S42_R3_B.S049497.1 B
X20211119_E_.NMS_S42_R4_B.S049498.1 B
X20211119_E_.NMS_S42_R5_B.S049499.1 BCode
#TopNESVs <- names(sort(taxa_sums(physeq2), TRUE)[1:30])
#physeq2_30 <- prune_taxa(TopNESVs, physeq2$Species)
#print(physeq2_30)Barplots of normalized environmental samples and marine ESVs
Code
plot_bar(physeq2, fill = "Family")
Code
plot_bar(physeq2, fill = "Order")
Heatmaps of normalized environmental samples and marine ESVs
Code
plot_heatmap(physeq2, taxa.label="Phylum")Warning in metaMDS(veganifyOTU(physeq), distance, ...): stress is (nearly)
zero: you may have insufficient dataWarning in postMDS(out$points, dis, plot = max(0, plot - 1), ...): skipping
half-change scaling: too few points below thresholdWarning: Transformation introduced infinite values in discrete y-axis
Alternative barplot formats
Code
plot_bar(physeq2, x= "Zone", fill = "Family")
Code
plot_bar(physeq2, x= "Zone", fill = "Family") + facet_wrap(~Cardinal_direction)
Code
#plot_net(physeq2, maxdist=0.4, color="Cardinal_direction", shape="Near_or_Offshore")Richness plots
Code
plot_richness(physeq2, measures = c("Chao1", "Shannon"), x="Near_or_Offshore", color="Near_or_Offshore")Warning in estimate_richness(physeq, split = TRUE, measures = measures): The data you have provided does not have
any singletons. This is highly suspicious. Results of richness
estimates (for example) are probably unreliable, or wrong, if you have already
trimmed low-abundance taxa from the data.
We recommended that you find the un-trimmed data and retry.
Code
plot_richness(physeq2, measures=c("Chao1", "Shannon"), x="Near_or_Offshore", color="Zone")Warning in estimate_richness(physeq, split = TRUE, measures = measures): The data you have provided does not have
any singletons. This is highly suspicious. Results of richness
estimates (for example) are probably unreliable, or wrong, if you have already
trimmed low-abundance taxa from the data.
We recommended that you find the un-trimmed data and retry.
Ordinations
Code
physeq2.ord <- ordinate(physeq2, "PCoA", "bray")Code
po <- plot_ordination(physeq2, physeq2.ord, type = "samples", color = "Zone", shape = "Near_or_Offshore", title = "Nearshore & Offshore Samples")
po
Code
jpeg(file="saving_plot1.jpeg")
po <- plot_ordination(physeq2, physeq2.ord, type = "samples", color = "Zone", shape = "Near_or_Offshore", title = "Nearshore & Offshore Samples")
dev.off()quartz_off_screen
2 Code
po +facet_wrap(~Near_or_Offshore)
Code
po +facet_wrap(~Cardinal_direction)
Code
po +facet_wrap(~Zone)
Subset taxa
Code
sf = filter_taxa(physeq2, function(x) sd(x)/mean(x) > 3.0, TRUE)
sfAct = subset_taxa(sf, Class=="Actinopteri")
sfMam = subset_taxa(sf, Class=="Mammalia")
sfCon = subset_taxa(sf, Class=="Chondrichthyes")Marine Actinopteri (Bony Fish) bar plot
Code
plot_bar(sfAct, fill = "Family")
Marine Mammals
Code
plot_bar(sfMam, fill = "Species")
Code
jpeg(file="saving_plot2.jpeg")
plot_bar(sfAct, fill = "Family")
dev.off()quartz_off_screen
2 Marine Chondrichthyes (Sharks & Rays)
Code
plot_bar(sfCon, fill = "Species")
Top10
Code
OTUnames10 = names(sort(taxa_sums(sf), TRUE)[1:10])
sf10 = prune_taxa(OTUnames10, sf)
sf10near = names(subset(sample_data(sf), Near_or_Offshore=="Nearshore"))
sf10off = names(subset(sample_data(sf), Near_or_Offshore=="Offshore"))
top10 <- names(sort(taxa_sums(sf), decreasing = TRUE)[1:10])
phyloseq::tax_table(sf)[top10,]Taxonomy Table: [10 taxa by 7 taxonomic ranks]:
Kingdom Phylum Class Order
ESV_034098 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_033752 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_041947 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Myctophiformes"
ESV_000975 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Centrarchiformes"
ESV_042017 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_000044 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Carangiformes"
ESV_000892 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Carangiformes"
ESV_027356 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_033648 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_001029 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Scombriformes"
Family Genus Species
ESV_034098 "Exocoetidae" "Cheilopogon" ""
ESV_033752 "Exocoetidae" "Exocoetus" "Exocoetus volitans"
ESV_041947 "Myctophidae" "Myctophum" "Myctophum lychnobium"
ESV_000975 "Kyphosidae" "Kyphosus" ""
ESV_042017 "Exocoetidae" "Prognichthys" "Prognichthys sealei"
ESV_000044 "Carangidae" "Decapterus" "Decapterus macarellus"
ESV_000892 "Carangidae" "Selar" "Selar crumenophthalmus"
ESV_027356 "Exocoetidae" "" ""
ESV_033648 "Hemiramphidae" "Oxyporhamphus" "Oxyporhamphus micropterus"
ESV_001029 "Scombridae" "Katsuwonus" "Katsuwonus pelamis" Code
print(sf10near)[1] "Control_or_Envtl" "Near_or_Offshore" "Date"
[4] "Cardinal_direction" "Zone" "Station"
[7] "Replicate" "Duplicate" Code
print(sf10off)[1] "Control_or_Envtl" "Near_or_Offshore" "Date"
[4] "Cardinal_direction" "Zone" "Station"
[7] "Replicate" "Duplicate" Code
sample_variables(physeq2)[1] "Control_or_Envtl" "Near_or_Offshore" "Date"
[4] "Cardinal_direction" "Zone" "Station"
[7] "Replicate" "Duplicate" Code
phyloseq::tax_table(sf10)[top10,]Taxonomy Table: [10 taxa by 7 taxonomic ranks]:
Kingdom Phylum Class Order
ESV_034098 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_033752 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_041947 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Myctophiformes"
ESV_000975 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Centrarchiformes"
ESV_042017 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_000044 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Carangiformes"
ESV_000892 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Carangiformes"
ESV_027356 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_033648 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Beloniformes"
ESV_001029 "Eukaryota" "Chordata" "Actinopteri" "Scombriformes"
Family Genus Species
ESV_034098 "Exocoetidae" "Cheilopogon" ""
ESV_033752 "Exocoetidae" "Exocoetus" "Exocoetus volitans"
ESV_041947 "Myctophidae" "Myctophum" "Myctophum lychnobium"
ESV_000975 "Kyphosidae" "Kyphosus" ""
ESV_042017 "Exocoetidae" "Prognichthys" "Prognichthys sealei"
ESV_000044 "Carangidae" "Decapterus" "Decapterus macarellus"
ESV_000892 "Carangidae" "Selar" "Selar crumenophthalmus"
ESV_027356 "Exocoetidae" "" ""
ESV_033648 "Hemiramphidae" "Oxyporhamphus" "Oxyporhamphus micropterus"
ESV_001029 "Scombridae" "Katsuwonus" "Katsuwonus pelamis" Code
sfNearshore <- subset_samples(sf, Near_or_Offshore == "Nearshore")
sfNearshorephyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2466 taxa and 58 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 58 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2466 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
sfOffshore <- subset_samples(sf, Near_or_Offshore == "Offshore")
sfOffshorephyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2466 taxa and 88 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 88 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2466 taxa by 7 taxonomic ranks ]Code
sfNearshorephyloseq-class experiment-level object
otu_table() OTU Table: [ 2466 taxa and 58 samples ]
sample_data() Sample Data: [ 58 samples by 8 sample variables ]
tax_table() Taxonomy Table: [ 2466 taxa by 7 taxonomic ranks ]